面向高通量DNA检测技术微生物基因识别与基因组的分析.pdf

摘要 摘要 题目：面向高通量DNA检测技术的微生物基因识别及基因组分析 作者：刘碧芸 导师：孙啸 学校：东南大学 微生物种类多样、数量巨大，能适应各种生存环境，与人类的健康、疾病、生产、生活、 环境保护和能源开发等密切相关。其中，产电微生物能够通过无氧呼吸，将氧化有机物产生 的电子传递到胞外并还原电极，从而驱动微生物燃料电池进行产电。希瓦氏菌属的＆ oneidensis MR-1是一种产电机制较为明确的模式菌，而同属的＆loihicaPV-4具有很强的温 度适应和金属还原能力，是潜在的优良产电菌。因此，希瓦氏菌基因组的研究和产电相关基 因的识别，对建立＆loihicaPV-4产电模型和提高产电效率具有重要意义。 随着高通量DNA测序技术的发展，越来越多的微生物基因组被成功测序，产生的大量 测序短片段也对生物信息学分析方法提出了挑战。本文通过引入序列拼接和比对、基因识别 和功能注释、比较基因组分析、功能基因组分析和代谢网络分析等方法，对产电微生物希瓦 氏菌基因组进行分析，并预测出＆loihicaPV-4基因组中与产电相关的基因。 为了排除数据库中错误的基因组注释信息的干扰，我们首先