基于生物信息学特征的dna序列数据压缩算法 bioinformatics features based dna sequence data compression algorithm.pdfVIP

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2017-08-13 发布于上海
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基于生物信息学特征的dna序列数据压缩算法 bioinformatics features based dna sequence data compression algorithm.pdf

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基于生物信息学特征的dna序列数据压缩算法 bioinformatics features based dna sequence data compression algorithm

第5期电子学报 vd．39No．5 2011年5月 Aa隗ⅡECllIl0NICASINICA M坷2011 基于生物信息学特征的DNA序列数据压缩算法 HWu3 纪震1，周家锐2，朱泽轩1，Q (1．深圳大学计算机与软件学院，广东深圳518060；2．浙江大学生物医学工程与仪器科学院，浙江杭州310027； 3．利物浦大学电气电子工程系，利物浦，L693GJ，UK) 摘要：本文通过将生物学特征和生物学含义引入DNA序列数据的压缩处理中，提出了基于生物信息学特征 CDS集合、内含子序列集合、RNA序列集合以及剩余序列的集合．根据各集合中序列的具体生物学特征分别使用针对性的压缩策略进行预处理，并通过I．ZMA算法进行压缩编码．实验结果表明，BioI_ZMA算法在基准测试序列上的压缩性能优于原有的DNA序列压缩方法．特别是对于生物信息学特征清晰的长序列，算法能够在较短的时间内获得较高的压缩率．关键词：DNA数据压缩；生物信息学；序列重组；近似重复片段；IZMA 中图分类号：TP391文献标识码： A 文章编号：0372-2112(2011)05-0991-05 BioinformaticsFeaturesBasedDNA Data Sequence CompressionAlgorithm JIZhent，ZHOUJia-rui2，ZHU HWu3 Ze．xuanl，Q 2．蜥of勖肼讹f凸—l咖andInanunemScience，历莉增University，胁r咖。历撇310027，I】t／aa； 3GJ，UK) 3．Demn,,跏ofEleariml凸驴咖and日肋m妇，The踟呐ofz矗唰，l勘e,mol，1．．69 Abslmet：ArowelbioinformaticsfeaturesbasedDNA data Bi01．2MAis inthis Sequencecompt-essioll Iroposed algxi吐皿of DNA dataisslicedandreformedirao4clusters with paper．InBioIiMA，the IIleaIlings：the sequence accordingbiological c‘妯l培 intron RNA residual indata cluster，thecluster，theclusterandthe sequence duster．Byemployingpomtcdc0棚pl璐鲡onstrategies are dmmmtratedthebetter clusters withI_2MA results p静pID(搬蛐ng，the comprcssed