PD-1与其他蛋白质的互作网络分析及验证.pdfVIP

· 166 · 囤 坠厍学袭查 o17年1月第38卷第2期 1ntJLabMed，January2017，Vo1．38，No．2 · 论 著 · PD一1与其他蛋白质的互作网络分析及验证 姜 茹，姜 杰，谭宏伟 ，修 燕，王国艳△ (滨州医学院烟台附属 医院检验科 ，山东烟 台264100) 摘 要 ：目的 构建程序性死亡一1(PD-I)及其配体与其他蛋 白质的相互作用网络 ，加深对 PD-I信号通路研究的认识 ，为 PD- 1及其相关配体 的基础及 临床应用研 究提供理论 资料 。方法 通过 PubMed检索PD-1及其配体的研究文献，基于文献挖掘对 已 报道 的与 PD-1及其配体存在相互作用的蛋 白质进行统计 ，并 以这部分蛋 白质进行二次检索及文献挖掘统计 ，最后 用软件 Cyto— scape构建相互作用网络并进行分析 ；寻找 网络 中与细胞迁移有关的分子及其与PD-L1之间的关系，并利用荧光定量 PCR及迁移 试验进行验证 。结果 在构建 出的PD-1／PD-L1及 PD一1／PD-L2分子互作 网络 中分剐共计 122个、126个分子 ，这些分子在 T细 胞受体信号通路、细胞黏附、JAK—STAT信号通路及细胞 因子间相互作用等众 多生物过程 中起到重要作用；基于互作 网络显示， PD-L1会 间接影响到 CXCR4的表达，这一推测被荧光定量 PCR及迁移试验结果所支持 。结论 通过生物信息学手段对互作 网 络蕴含的信息进行挖掘发现 ，PD-1／PI)_L1通路与 PD一1／PD-L2通路 的作用机制存在差异 。同时，利用基 于文献挖掘及生物信 息 学的方法研究 P13-1信号通路是 1种可以合理利用生物文献数据 ，为实际试验提供指导的好方法。 关键词 ：文献挖掘} 生物信息学； P13-1； PD-L1； PD-L2 DoI：10．3969／j．issn．1673—4130．2017．02．008 文献标识码 ：A 文章编号：1673-4130(2O17)02—0166-06 Analysisandexperimentalevidenceon interactionnetworksamongPI)_1andotherproteins JIANGRu，JIANGJie，TAN Hongwei，XIUYan，WANGGuoyan (DepartmentofClinicalLaboratory，YantaiAffiliatedHospital，BinzhouMedicalUniversity，Yantai，Shandong264100，China) Abstract：Objective AninteractionnetworkamongPD-1一ligandsandotherproteinswerebuilttOadddeeperunderstandingof PD-1signalpathwayandtOsupplythetheoreticaldataontheclinicalapplicationstudyofPD-1anditsligands．Methods Searching theliteratureaboutPI)_1anditsligandsinthePubM ed，theresultofwhichwouldbeusedtosummarizetheproteinsthathadbeen reportedtOhaveinteractionswithPD-1anditsligands，andthen，quadraticsearchwouldbeperformedontheseproteins．Finally，the softwareCytoscapewouldbeusedtobuildandanalyzetheinteractionnetworkandverifiedbyPCR．Results Therewere122and 126nodesinthePD-1／PD-L1networkandPD-1／PD-L2networkrespectively．TheseproteinswereinvolvedinTCR signalpath— way，celladhesion，JAK—STAT signalpat