嗜热脱氮土壤芽孢杆菌NG80-2的基因组破译和肠道致病菌O抗原的分子生物学研究.pdf

Y 967 968 ⑨ 南开大学 博士研究生毕业(学位)论文 姓 名：王盛 年 级：三雯雯三 专 业：微生物堂 研究方向：细菌基因组堂皇遣佳堂 论文题目：堕热膛氮±夔差塑枉董盟g墨壁二至的基固组煎竖 厘逝道塑痘菌Q抗厦丝盆王生堑堂研究 完成日期：至鲤鱼生垒旦 指导教师：王益教援 摘要 摘 要 本文分别以嗜热脱氮土壤芽孢杆菌NG80．2和志贺氏菌、大肠杆菌为研究对 象进行基因组学和分子进化的研究，共分为两部分。 第 部分针对嗜热采油微生物一嗜热脱氮土壤芽孢杆菌(G。。妇。Ⅲ。。 菌与石油环境相关的进化特征。 第二部分针对_[场道致病菌一志贺氏菌和大肠杆菌，选取具有典型的进化多 样性的表面抗原一O抗原为入手点，进行局部区域的序列破译，分析和比较致病 菌的分子遗传和进化，研究分子分型的快速检测方法。 嗜热脱氮土壤芽孢杆菌NG80一2是在我国大港油田分离的一株耐高温(最 高耐受温度为73℃)并能降解重质烷烃(最高为C36)的石油微生物。该菌能 够利用原油作为唯一碳源和能源，在高温缺氧的深层油藏环境中良好地生长， 并可有效地提高轻、重质烷烃的比例和改善原油流动性。深入研究和利用该菌 的特性对于石油工业祁环境保护都具有重要意义。 本文通过对NG80 2的基因组测序和分析以及分子生物学的研究，预测并 鉴定了该菌的芳香烃降解途径，并初步探讨了其在复杂油藏环境中生存的分子 机理和进化特征。研究发现： 通过全基因组鸟枪法测序，在完成总计55，727次有效测序反应(序列总量 33．6Mb)后，最终获得序列平均覆盖9 3倍的NG80—2全基因纰序列精细图谱， 包括一个3，550_324bp的染色体和一个57，693bp的质粒。基因组的注释结果显示， 染色体编码3，446个基因，质粒编码55个基因。这是世界上首次完成的针对嗜 热石油微生物的全基因组序列破译，为在分子水平上进～步认识石油微生物奠 定了基础。 采用生物信息学方法预测和分析，初步确认了NG80一2中存在编码邻氨基 苯甲酸降解途径(11个基因)、对羟基苯基甘氨酸降解途径(16个基因)、苯乙 摘要 酸降梓途径(i2个赫因)和苯甲酸簿勰途径(j2个基蹦)的基因簇。这敬个基 毅簇缡蚂牌芳蠢烃黪解途径豁与邑妇缨莹中鲢芳香烃晦瓣途径蠢掰不鬻，均嚣 翦次发现。 研究遥发瑰，NG豁～2其备不嗣予普通革兰氏黼健德鲍硝酸艋呼暇系统， 可为其在油藏环境中缺氧或笼氧条件下的生存提供能源。并且己醛酸循环途径 麴存在，说踢典司利翅己酸捧为难一碳源或§§源，送霹靛与添藏繇境中存在多 稀产乙黢懿徽生物裔关。 在蒸因维静注释的纂磁上，经避分折藕筛选，预辅了22个编褥可脆静王监 用酶豹簸蕊西，霹分别应用予分孑生物学、糠王业、奄撬台戏】：渡、食熬王整 辞研究和生产领域。这些藻翻编码的黪具奄热穗定性莓鞋耐碱性的蜷饪，阁憩可 袭苛裁姻工捧环撬下发挥效裁，其翕耄要{乍崩和价值。 o。撬艨是擎兰戴爨链缨篷主要瓣袭覆撬躲，是瘗爨美募耱肇链组戏瀚多聚 糖，蠹于袄期受弼来自宿主鸯尊选择监力，蔼形成了自然弊中最为突出的生物多 样性。缡黼合成O抗原静基圜簇成为在糯峨水平上研究分子避讫的矮好的辑辩。 通过对典多样蛟产生瓣遗铸纂础霉旺避他的酶窕霹以搦暴致病蘸酶避诧勰形成极 理。 恚絮茂蕊帮菜攮大脑糕蘑楚大粪瓣诲多动物豹重要赫道致藏帮，并嘲程特豫 情况F岢殁肠道以外的感染。志贺氏菌与大肠杆菌的进化地位l一分接近，商许 多莛冠热生犯和分子遗转学姆援。太瓤撂茁育强8秘0蕊器，惑赣涎营赣33释 伊抗原，其中13种沪抗原沟二者$f基有。 本文