如何只用万分之一的费用获得全基因组序列.PDFVIP

如何只用万分之一的费用 获得全基因组序列 美国国家人类基因组研究所 （NHGRI）的新一代测序技术正指引着测序技术平台的发展方向。随着测序技术 的不断进步，在不久的将来，全基因组测序将被普及，成为常规的检测手段。 早在200 1年，当人类基因组图谱即将绘制完成之际，位于美国马里兰州贝塞斯达的美国国立健康研究院 （NIH）下属的国家人类基因组研究所 （NHGRI），早就已经开始筹备下一阶段的基因组研究工作了[1,2] 。超 过600位科学家和相关人员经过两次大会以及10次讨论不同主题的专题会议后，成立了一个特别委员会。该委 员会确立了在未来的10到20年间，基因组学研究的方向及所面临的机遇和挑战。会议的成果是，与会的科学 家制定了一项非常 “大胆的”计划[3] 。该计划由一系列的高新技术组成。在当时看来，这些高新技术简直就像 科幻小说一样虚幻、遥不可及。其中一项技术就是要大幅度降低全基因组测序的费用，至少要降至当时费用 的万分之一或者十万分之一。也就是说，检测一个人的全基因组序列不能超过1000美元。第四届委员会资金 的最大一笔资助项目就与大幅度降低全基因组测序费用的技术有关。现在，价格低廉的测序技术已带领人们 迈进了全基因组测序的普及时代。 图片说明：2007年3 月，在圣地亚哥举行 的NHGRI高级DNA测序技术发展会议。 NHGRI每年都会举办一次这种会议，旨 在为研究人员提供一个交流信息、寻找 合作伙伴、讨论待解决问题的平台。 测序目标 [4] 早在2004年，NHGRI的DNA测序技术发展目标 就已经写入了委员会两个阶段的战略规划。那时，美国 国内使用的最好的测序技术是基于毛细管电泳芯片 （capillary array electrophoresis, CA E ）的Sanger测序 法。Sanger CA E测序法能获得高质量的哺乳动物基因组序列图，所以该技术也得以在NHGRI下属的各大测序 中心得到广泛应用[5] 。不过，当时测一个图谱的花费要高达1000万美元。委员会给NHGRI制定的远期目标就 是在10年内开发出一种新的全基因组测序技术，能够将费用降低至当时费用的万分之一，即测一个基因组序 列只需花费1000美元。而中期目标是在5年内开发出一种全新的全基因组测序技术，希望能将费用降低至当时 费用的百分之一，即测一个基因组序列花费10万美元。这种发展计划也符合自人类基因组计划实施以来，测 [6] 序技术降价的规律，即经过10年左右费用会降低100倍，从最初的每碱基对花费10美元降至现在的0.1美元 。 4141 生生命命奥奥秘秘wwwwww..lliiffeeoommiiccss..ccoomm 委员会的战略目标也同样强调测序质量的重要 们资助项目的范围很广，包括从测试新方法的可行性 性。检测测序质量的金标准是无序列缺口 （gap ） 到开发一套全新的系统。同时，他们也非常注重将科 的序列测定准确率要达到99.999%[7] 。根据以往的经 研与实际应用相结合。一般来说，对于完成被投项目 验，要获得如此高质量的测序图谱必须经过人工修 的近期目标来说，NHGRI投入的资金量还是绰绰有 正。所以，尽管研究人员的最终目标为获得准确率 余的。 达99 .999% 的高质量测序图谱，但就目前来说，如 最近，眼看着NHGRI的中期目标，即测一个基 果能在有序列重叠等其它情况存在的条件下，通过 因组序列花费10万美元马上就要实现了，他们立即又 自动测序获得和小鼠基因组序列图谱质量一样的结