如何在genbank中查找一基因序列.docVIP

如何在genbank中查找一基因的序列 1、在GeneBank 中查找基因序列只要输入accession号就可以了 ，下面网址就是一个基因的全部序列信息的例子，/Sitemap/samplerecord.html，在记录的末尾有各种记录的详细说明，如果你没有accession号，可以把你手头的编号用source等信息源转换成accession号，中文教程太古老了，如果你是初学者一定要养成看英文文献的习惯，要是特别想看中文翻译的话，书店里随便一本生物信息学书里都会介绍数据库的，不过有些翻译过来的东西真的很别扭，希望对你有帮助。 2、关于在GeneBank中查找序列我有几点体会：最直接、最简单的方法是手头有基因的accession号；如果没有就需要明确两个重要的内容，即基因名称及物种信息（如果有最好是拉丁全名），基因名称尽可能详细，避免搜出一些不相关的信息；搜索的时候建议先用NCBI的Gene数据库搜索，这样得到的accession号是属于NCBI工作人员重新整理过的Refseq的序列，这样会比较可靠；当然这个要看你的分析目的，如果你是要对该序列进行下游的分子生物学操作or分析，选这种序列我觉得会比较好，如果是要进行多序列的分析or其他目的需要全面分析该序列的，可能需要其他序列做补充，但是我觉得序列越多问题越说不清楚，因为毕竟不是自己的序列，如果Gene数据库里没有收录，那就只有在Nucleotide数据库里找了，但是还是建议采用Refseq的序列，Refseq序列特征如下：Accession prefix??Molecule type??CommentAC_??Genomic??Complete genomic molecule, alternate assemblyNC_??Genomic??Complete genomic molecule, reference assemblyNG_??Genomic??Incomplete genomic regionNT_??Genomic??Contig or scaffold, clone-based or WGSaNW_??Genomic??Contig or scaffold, primarily WGSaNS_??Genomic??Environmental sequenceNZ_b??Genomic??Unfinished WGSNM_??mRNA??　NR_??RNA??　XM_c??mRNA??Predicted modelXR_c??RNA??Predicted modelAP_??Protein??Annotated on AC_ alternate assemblyNP_??Protein??　YP_c??Protein??　XP_c??Protein??Predicted modelZP_c??Protein??Predicted model, annotated on NZ_ genomic recordsa Whole Genome Shotgun sequence data.????b An ordered collection of WGS for a genome.????c Computed.????其他值得考虑的是，对于真核生物最好找注释为全长的mRNA序列，原核生物最好有起始密码子和终止密码子；其他未尽事宜大家补充！ 3、如何在genbank查找某个细菌的基因序列？ 你输入这个细菌的名字直接查，一般会有的~~~~~而且一般第一个会是全基因组序列~~~进入ncbi的首页，database选nucleotide，输入你的关键词,如果库里收录里就会有的 4、如何查找基因序列？——在Genbank中寻找目的基因的实例 （1） 根据文献搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，直接打开 ，在Search后的下拉框中选择Nucleotide，把Genbank ID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到他了。举例说明，例如：在2003年JBC的文章（Conditional Knock-out of Integrin-linked Kinase Demonstrates an Essential Role in Protein Kinase B/Akt Activation）中出现了“calreticulin (GenBank accession number gi”，那么把输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括基因序列等相关信息）。