QTRAP-IDA指南.doc

IDA指南 Information Dependent Acquisition （IDA）自动关联扫描能够在一个色谱过程中进行MS/MS谱的“on the fly ”采集。Analyst Software IDA通过组合特定的survey scans，高分辨扫描和灵敏的子离子扫描产生大量有用的MS/MS数据。在一个典型的IDA实验中，survey scan产生了一个所有出现离子的峰列表。峰列表根据用户定义的标准除去不想要的母离子。留下的离子则进行MS/MS实验。这个循环在整个采集过程中不断重复，产生了大量的信息丰富的数据。 由于Q TRAPTM System仪器灵活性强，有多种不同的扫描选择，所以IDA功能强大而灵活。多个水平的MS/MS和MS/MS/MS可以以完全自动的方式执行。 IDA实验可以手动方式建立或者借助IDA Wizard帮助。本指南介绍采用这两种方式建立IDA实验。另外还描述了一些用于蛋白质组学的典型方法；蛋白质鉴定的标准方法，在多肽混合物中筛选磷酸化位点的方法。 注意：关于不同扫描方式的更多信息参见Q TRAPTM系统的LIT扫描模式。 6.1 击活硬件Profile 打开导航栏(屏幕的左边)中的Hardware Configuration Editor，选择与MS系统相联的LC系统的合适的硬件配置并击活Profile。这些外围设备将自动加入到IDA方法中，所以必需提前选好。关于硬件Profile更多的信息参见LC Packing System指南或者Agilent capLC 系统指南。 6.2 IDA Wizard 双击导航栏的Acquire部分的IDA Method Wizard，可以登录IDA Wizard。 建立IDA Experiment的窗口如下。 IDA Wizard简化了建立IDA Experiment的过程。Wizard包括了三个IDA Method，可以采用4个survey scans。前两个采用线性离子阱MS扫描作为survey scans，即EMS和EMC扫描，然后击发EPI从属扫描。第三个选择是用三重四极杆建立实验，即用母离子扫描或中性丢失扫描作为survey scans击发EPI从属扫描。（关于不同扫描方式的更多信息参见Q TRAPTM系统的LIT扫描模式，或Q TRAPTM系统的四极杆扫描模式。） 6.3 使用IDA Wizard建立一个蛋白鉴定的IDA方法 第一个介绍的IDA实验是一个典型的蛋白鉴别实验，得到尽可能多的多肽的高质量的MS/MS数据。任何一种LIT MS 扫描都适合这个实验，本实验采用Enhanced MSEnhanced Product Ion scan选择。强烈推荐这类实验中使用Enhanced Resolution Scan。母离子的精确性较好，而且可以精确断定离子的电荷状态。其信息优势远远超过执行该扫描所花费的少量的时间。如下所示两个框均打勾后，点击Next。 在下面的窗口中，Enhanced MS Survey Scan的参数被设定。测定多肽质量数的典型的扫描范围为400-1200amu，在Start mass/Stop Mass窗口输入该质量范围。由于母离子的分辨率将在ER扫描中获得，所以使用最快的扫描速度（4000amu/sec）。最后，LIT fill time默认为20ms，在大多数情况下都是好的设置。但是，如果对于样品有一定的信息，也可以进行调整。如果希望得到数量多的多肽则将fill time减少到10ms。如果需要增加灵敏度则将fill time增加到20-50ms。点击Next继续。 下面的窗口定义Dependent Scan的参数。一般地，每次对最强的1-3个多肽进行MS/MS。如下所示，在窗口上方设定。 EPI实验的碰撞能量（CE）可以通过两种不同的方式设定。选择的每一个母离子可以至多有三个不连续的碰撞能量。例如，如果两个最强的离子被选择，两个不连续的碰撞能量被设定，那么在每次循环中将进行4个独立的EPI扫描。对于蛋白鉴别实验，最好采用Use Rolling Energy 设置每一个多肽的CE值。(Use Rolling Energy将在6.5部分的设置IDA选择标准中描述)。其特点是根据每一个多肽的m/z值和电荷状态计算最优的碰撞能量。 在Start mass/Stop Mass窗口输入扫描范围100-1700。在EPI扫描中采用最快的扫描速度（4000amu/sec），碎片离子仍然可以达到单位分辨。这种扫描方式中， fill time设置为50ms，也可以根据灵敏度的要求进行调整。点击Next继续。 以下描述IDA实验的选择标准。 设定潜在的母离子的质量范围，在For ions greater than 和For ion