基于顺序形态变换的生物芯片图像网格化.pdf

第3 2 卷第6 期 光 学 技 术 Vol . 32 No . 6 　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　　　 2 0 0 6 年 1 1 月 OP TICAL TECHN IQU E Nov . 　2006 文章编号 : (2006) 0609 1204 　　 基于顺序形态变换的生物芯片图像网格化 1 ,2 1 1 1 付东翔 , 马军山 , 陈家璧 , 庄松林 ( 1. 上海理工大学 光学与电子信息学院 , 上海 　200093 ; 2 . 上海理工大学 计算机工程学院 , 上海 　200093) ( ) ( ) 摘 　要 : 生物芯片图像网格化是对由生物芯片扫描得到的荧光成像中的信号 Foreground 和背景 Background 进行 划分 , 以便提取各点的吸光度值 、面积和吸光度比等荧光点的数据 。网格化的准确与否决定了数据提取的正确性 。提出 了一种运用顺序形态变换理论实现生物芯片荧光图像网格化的方法 ,通过对百分位值在 0 ～1 之间的顺序形态进行变 换 ,可实现像素灰度的极小值 、中间值等多刻度值的灰度取值运算 。理论分析表明 ,该算法能够识别信号与背景的边界 , 可去除噪声等非边界信息 ,能判断信号区域 ,可确定荧光点的边界和范围 ,可实现荧光点阵图像的网格化 。试验结果表 明 ,该算法对不同信噪比的荧光图像来说有很强的适应性 ,可用于高密度生物芯片图像的处理 。 关 键 词 : 顺序形态学 ; 生物芯片 ; 网格化 中图分类号 : TP39 1 　　　文献标识码 : A Microarray gridding based on order morphology transf orm FU Dongxiang1 ,2 , MA J unshan1 , CHEN J iabi1 , ZHUAN G Songlin1 ( 1. School of Optics and Electronics Information , Shanghai University for Science and Technology , Shanghai 　200093 , China) (2 . School of Computer Engineering , Shanghai University for Science and Technology , Shanghai 　200093 , China) Abstract : Gridding of fluorescence image of microarray is to identify foreground and background of fluorescence spot s. Ab sorbency , area and absorbency ratio of each fluorescence spot can be op erated after gridding. So it is important t hat result of gridding is accurate . A algorit hm is proposed to pr