丝氨酸与水相互作用的量子化学研究 - 河北师范大学学报.pdf

第34 卷/第6 期/ 河 师范大学学报/自然科学版/ Vol.34 No.6 2010 年11 月 JOURNALOFHEBEI NORMAL UNIVERSITY/Natural Science Edition/ Nov.2010 丝氨酸与水相互作用的量子化学研究 李晓艳, 　张雪英, 　孟令鹏, 　郑世钧, 　曾艳丽 (河 师范大学 计算量子化学研究所, 河 石家庄　050016) 摘 要:在密度泛函B3LYP/6-311++G(d, p)水平上对丝氨酸分子与水分子的氢键体系进行了研究, 得到6 种可能存在的构型.用完全均衡方法对基函数重叠误差进行了校正, 计算了分子间的相互作用能.结果表明, H O 2 与丝氨酸分子中的—OH, —COOH 中的—OH 以及与—NH 相连的C 上的H 形成的3 个氢键结构的稳定性最强. 2 电子密度拓扑分析结果表明, 丝氨酸与水分子间的作用以静电作用为主, 较强的化学键具有较强的离子性. 关键词:丝氨酸;氢键;分子间相互作用;电子密度拓扑分析 中图分类号:O 641　　　文献标识码:A 　　　文章编号:1000-5854(2010)06-0696-06 氢键广泛存在于大自然中, 它的存在影响着很多物质的性质.氢键在生物体内也起着无法替代的重要作 用, 影响着生物分子的形状、性质和功能.2 种最为重要的生物分子———蛋白质和DNA, 也是依靠氢键才得 以形成它们特定的结构.正因如此, 氢键在化学、物理、生物及生命科学等领域都非常重要, 一直是化学家们 [1-3] 感兴趣的热门领域之一 . 氨基酸作为蛋白质的基本组成单元, 在生物化学领域以及生命过程有着极其重要的作用.研究氨基酸的 结构、性质及其作用机制, 对于探索生命过程具有重要的理论意义和实际指导作用.近年来关于氨基酸的研 [4-5] 究越来越多 , 尤其是随着理论化学的发展, 有关氨基酸的理论计算的文章也很多, 文献表明, 氨基酸和水 [6-9] 分子的作用主要是氢键作用 .氨基酸分子在晶体和溶液状态下主要以两性离子形态存在, 只有在气态环 境下才以中性分子形态存在.氨基酸的两极离子主要通过氢键与周围的分子发生相互作用, 从而达到稳定. 1个水分子通过氢键作用与1 个氨基酸分子形成复合物代表了氨基酸分子水化进而成为溶液的第一步.丝 氨酸是一种重要的生化试剂和药剂, 不仅用于生化研究而且已作为第3 代氨基酸输液的成分, 因此研究丝氨 酸与水分子间的相互作用具有重要意义.到目前为止, 丝氨酸与水分子之间的相互作用未见文献报道.本文 中, 笔者通过研究丝氨酸和水分子形成氢键的多种可能构型, 分析了中性丝基酸分子与水分子间的相互作用 机制, 计算结果将为氨基酸体系的动力学和蒙特卡罗模拟提供重要的理论依据. 1　研究方法 采用密度泛函(DFT )B3LYP 方法在6-311++G (d, p)基组水平上分别对H O 、丝氨酸分子及二者形成 2 的复合物进行构型优化, 得到各分子的稳定几何构型及能量, 并在相同水平上进行频率计算, 证明是势能面 上的极小点.由于体系的基函数迭加误差(BSSE)对几何构型有一定影响, 采用Boys 和Ber ardi 提出的完全 均衡校正(cou terpoise procedure, CP )方法来消除基组重叠误差.根据 Bader 等提出的“分子中的原子 [10] (AIM )”理论 , 对研究体系进行了电子密度拓扑分析, 讨论了电子密度、拉普拉斯量等拓扑指标与氢键强 弱的关系.所有计算采用 Gaussia 03[11] 程序包完成.电子密度拓扑