Bioinformatics生物信息学.PDF

Lecture #2. Studying genomes • 2.1 Genome sequencing • 2.2 Genome assembly • 2.3 Genome annotation • 2.4 Meta-genomes 基因组领域急需解决的关键技术 • 大基因de novo组装算法与软件开发 • 大基因组注释核心技术开发 • 比较基因组与进化分析核心技术开发 • 大基因组重测序数据分析核心技术开发 • RNA分析 （杨焕明主编，《基因组学方法》，科学出版社，2012 ）。 2.1 Genome sequencing • Roadmap for genome study • How to sequence a genome • Sequencing technologies Roadmap for genome study • “基因组地理”探险：四张图 Genomic geography • 哥伦布几百年前 发现了美洲、澳 洲等新大陆，最 终使人类认识了 地球上的每一块 处女地。于是有 人形象地把人类 目前的基因组研 究形象地比喻为 “地球探险”， 并把基因组研究 称为基因组地理。 A 、遗传图谱(genetic map) • 遗传学图距是以形成精子或卵子的减数 分裂过程中，两个位点之间进行交换、 重组百分率（cM,厘摩尔根）为单位的， 反映基因遗传效应的基因图谱。 • 限制性片段长度多态性（RFLP ）\微卫 星标记（microsatellite marker ）\SNP （single nucleotide polymorphysm ）的遗 传标记系统，即单核甘酸多态性 B、物理图谱(physical map) • 物理图以Mb 、kb 、bp作为图距，以DNA探针的 STS （sequence-tagged site ，序列标签位点）序列 为路标。 • 构建物理图谱的一个主要内容是把含有STS对应序 列的DNA 的克隆片段连接成相互重叠的“片段重 叠群（conting ）”。 • 在YAC载体的基础上，现有BAC （细菌人工染色 体库）、PI （一种源于λ噬菌体的载体）、PAC （来源于PI 的人工染色体）、MAC （一种类似于 YAC ，但以哺乳细胞作为宿主细胞的新型载体）、 Fosmid （一种类似于BAC ，来源于大肠杆菌的F基 因的载体）。 C、序列图谱(sequence map) • 由全部核甘酸组成的基因组序列图。前面所谈的 遗传图与物理图的构建都是为了绘制序列图而建 的。 • • 1977年，人类完成对自然界第一个基因组（全长 5