一种生物相关性优先的两步卵巢癌化疗疗效敏感基因选取方法.pdfVIP

31卷 4期 中 国 生 物 医 学 工 程 学 报 V0l_31 NO．4 2012年 8月 ChineseJournalofBiomedicalEngineering August 2012 一 种生物相关性优先的两步卵巢癌化疗疗效敏感基因选取方法 韩 斌 王 清 解瑞飞 厉力华 祝 磊 (杭州 电子科技大学生命信息与仪器工程学院，杭州 310018) (杭州市肿瘤医院，杭州 310002) 摘 要 ：作为卵巢癌主要诊疗手段之一的化疗 ，费用 昂贵，副作用大，且患者反应 的个体差异很大 。本文提出一种 首先依据诊断结果 (卵巢癌化疗疗效)相关性进行特征选择，然后利用蒙特卡洛方法对特征基因排序，最终建立预 测化疗反应模型的方法，克服了过度依赖分类率的弊端。首先利用奇异值分解，基于散点图和Kolmogorov．Smirnov test(K—Stest)的定性和定量分析非生物因素对基 因表达谱 的影响，结合化疗反应样本 的聚类图进行基因筛选 ；然后 采用基于信息增益 的随机森林方法精选基 因，得到与化疗相关的敏感基 因。实验结果表 明，此方法与经典方法 (SVMRFE、T—test)相 比，所选取 出的特征基 因具有较好 的分类能力且保持稳定；从生物学角度分析显示 ，此方法所 得到的敏感基 因与化疗疗效的联系更加紧密 ，5O个基 因中，有 4个 (NR2F2、CLDN3、PURA、C1ORF38)直接与卵巢 癌相关；17个(USO1、TCF7L2、NR2F2等)与肿瘤或癌症直接相关 ，或与肿瘤密切相关的生物过程 (例细胞生长与繁 殖、新陈代谢、细胞循环、DNA修复等)相关。 关键词 ：卵巢癌化疗疗效；有监督奇异值分解 (SSVD)；特征选取 ；随机森林 ；决策树 中图分类号 R318 文献标志码 A 文章编号0258—8021(2012)04~572-10 BiologicalEffectRelevancePreferredTwo Step GeneM arkerSelectionM ethodsfor Ovarian CarcinomaChemotherapyPrediction HANBin。·， WANGQing XIERui．Fei LILi．Hua。 ZHULei (CollegeofL InformationScience＆InstrumentEngineeringofHangzhouDianziUniversity，Hangzhou310018，China) (HangzhouCancerHospital，Hangzhou310002，China) Abstract：Ovariancancer(OvCa)isoneofcommonandthemostlethaltypesofgynecologicalcancer．Primary debulking surgeryfollowedbychemotherapyiscurrentlythestandardofcareforpatientswith ovarian cancer． However，patientshavedifferentresponsestochemotherapy，predictingtheprognosisofchemotherapytherefore becomeparamountimportant．Inthisstudy，weproposedamethod：first，identifythegenemarkersprimarilyin termsof theirdiagnosticrelevance，and then Monte Carlo simulation isus