2019-20承担单位福建农科院农业生物资源研究所试验设计.doc

2013-9-20 承担单位：福建省农科院农业生物资源研究所 试验设计：刘波 试验项目：试验人员：胡桂萍 试验负责：胡桂萍 报告日期：201-09-20 计数月份：201年月 研究资格系数 (0.5-1.0) 实验设计系数 （0.9-1.0） 报告得分 总分 实验设计 实验记载 实验分析 实验简报 实验文章 1-20% 21-40% 41-60% 61-80% 81-100% 1%-5% 设计不足，实施错误 6%-10% 设计不全，实验无果 11%-15% 设计可以，实施不全 16%-20% 设计完整，分布实施 21%-25% 实验不全，记载无果 26%-30% 实验不足，记载不全 31%-35% 独立实验，记载不全 36%-40% 分布实验，记载完整 41%-45% 目的明确，实验完成 46%-50% 实验完整，记载清晰 51%-55% 实验系统，结果可信 56%-60% 实验创新，分析清晰 61%-65% 实验创新，结论清晰 66%-70% 实验完整，统计清晰 71%-75% 实验系统，数据可靠 76%-80% 报告完整，文章雏形 81%-85% 结构合理，分析有据 86%-90% 逻辑清晰，统计合理 91%-95% 图表完整，写作流畅 96%-100% 文献完整，发表水平 福建省农业科学院农业生物资源研究所 农业微生物研究中心 电话: 0591 传真: 05911．试验目的 2. 试验方法 2材料与方法 2.1 供试芽孢杆菌及近缘种全基因组序列及数据来源 供试芽孢杆菌及近缘种全基因组序列及数据来源均来源于公共数据库美国国立生物技术信息中心NCBI （/genome/?term=bacillus）和基因组研究所（TIGR）的简明微生物基因组资源CMR（?Comprehensive Microbial Ressource）（/cgi-bin/CMR/shared/ Genomes. cgi? search_term =bacillus），所有基因序列数据均以Fasta格式下载并保存。 2.2 JSpecies v1.2.1软件的安装及ANI值计算 ANI值通过JSpecies v1.2.1软件计算实现（Richter and Rossello-Mora, 2009）。Jspecies v1.2.1软件下载：http://www.imedea.uib.es/jspecies/download.html，其安装及使用说明：http://www.imedea. uib-csic. es/jspecies/ docu.html。附加程序数据包blast-2.2.26-ia32从/blast/下载，并植入软件Jspecies中，具体步骤参见Jspecies安装说明。 2. 芽孢杆菌属间ANI值典型性比较 从NCBI和CMR数据库中下载芽孢杆菌科（Bacillaceae）内6个属的代表性菌株的全基因组序列，6个属分别为Oceanobacillus，Amphibacillus，Anoxybacillus，Halobacillus，Geobacillus，Lysinibacillus， 代表性菌株Table 1 Information of representative strains with bacillus genus 菌株代码 Strain code 菌株全名 name GenBank ID OceanoB.sp Oceanobacillus iheyensis HTE831 NC_004193.1 AmphiB.sp Amphibacillus xylanus NBRC15112 NC_018704.1 AnoxyB.sp Anoxybacillus flavithermus WK1 NC_011567.1 HaloB.sp Halobacillus halophilus DSM2266 NC_017668.1 GeoB.sp Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 NC_009328.1 LysiniB.sp Lysinibacillus sphaericus C3-41 NC_010382.1 数据导入Jspecies软件，进行blast双向比对计算ANI值，结果以ANIb值显示，其中比对域值-E设置为1e-15, ANI计算参数设置分别为同源性（identity）30%，匹配率70%，基因长度为1020。 2.4 芽孢杆菌种间ANI值典型性比较 选取芽孢杆菌属Bacillus 中16个种的代表性菌株的全基因组序列进行种间ANI值比较，具体信息见下表，ANI数据的计算如。 表代表性菌株信息表 Table In