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焦磷酸测序原理和引物设计
Pyrosequencing RCR
实验原理:焦磷酸测序采用生物素标记的引物进行PCR扩增,将PCR产物纯化并变性为单链后,向其中加入四种酶的混合物:DNA聚合酶(合成DNA双链,释放dNTP的焦磷酸基团,释放出来的焦磷酸基团的量与和模板结合的dNTP的量成正比)、ATP硫酸化酶(在adenosine 5′ phosphosulfate存在的情况下催化焦磷酸基团形成ATP)、荧光素酶(在ATP介导下使荧光素转化为氧化荧光素,氧化荧光素能释放与ATP量成正比的可见光信号)及三磷酸腺苷双磷酸酶(降解未参入新链的dNTP及ATP,猝灭荧光)。
在测序过程中,每次加入一种类型的dNTP,若该dNTP能与模板链互补配对,则在四种酶的作用下发生一系列的反应,最终将荧光信号转换成电信号体现出来,显示为一个个高度不一的峰,峰的高度与碱基的个数成正比。反之,当dNTP不能与模板链结合时,将直接被三磷酸腺苷双磷酸酶降解,相应的将不会显示峰值。如下图所示:
引物设计
焦磷酸测序的模板也是经亚硫酸盐修饰后扩增,故其引物设计原则与BSP引物设计基本一致:1)引物长度在18~24碱基;
避免引物间互补或自身形成发卡结构
引物中G/C – A/T的分配比例相当,使Tm在62-65°C之间
其主要区别在于:1)Pyrosequencing的一条引物的5' 端需使用生物素标记,以和磁珠或琼脂糖beads结合,另一条引物不要标记
由于游离的生物素将会和生物素标记的PCR产物竞争结合联霉亲和素(beads)而降低信号水平,须使用HPLC纯化生物素标记的引物。
要确保PCR产物目标量大,且没有非特异性条带,也没有引物二聚体。PCR完成后使用电泳鉴定PCR产物。
PCR循环数须足够,以保证完全消耗掉引物。
Pyrosequencing 的引物设计可以直接使用PyroMark Assay Design 2.0软件进行设计。使用该软件时,只需将目的基因序列输入,该软件便可自动设计反应需要的引物,并会将CpG位点一一罗列出来,与常用的引物设计软件一样,也会有一个评分,建议使用评分在九十分以上的引物,当最高得分仍较低时,可考虑将BSR引物的其中一条进行生物素标记后使用。
PS:PyroMark Assay Design 2.0软件对目的基因的片段长度有限制,建议PCR的目的片段控制在300bp以内,测序片段控制在100bp,这样得到的结果会更加准确可靠。
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