微生物全基因组鸟枪法测序.pdfVIP

( ) ( ) 遗 　传 HER ED I TA S Beijing 24 3 :3 10～3 14 ,2002 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　技术与方法 微生物全基因组鸟枪法测序 罗春清 ,杨焕明 ( 中国科学院遗传与发育生物学研究所人类基因组中心 ,北京 100 10 1) 摘 　要 :全基因组测序主要有二种策略 ,一种是分级鸟枪法测序 ,另一种是全基因组鸟枪法测序 。微生物是一种十 分重要的遗传资源 ,运用全基因组鸟枪法可以方便 、快捷地完成其基因组的测序任务 。本文对微生物全基因组鸟 枪法测序中文库构建 、插入片段的长短比例 、反应投入量 、拼接以及补洞等问题作了较细致的描述 ,有些步骤作了 举例说明。 关键词 :微生物 ; 全基因组 ; 鸟枪法测序 中图分类号 :Q933 　　　文献标识码 :A 　　　 文章编号 :0253 - 9772 (2002) 03 - 03 10 - 05 Whole Microbial Genome Shotgun Sequencing L U O Chunqing , YAN G Huanming ( The H u m an Genome Center , I nstit ute of Genetics an d Develop mental B iology , CA S , B eij i ng 100 10 1, Chi na) Abstract :Two strategies introduced for whole genome sequencing ,one is clone by clone met hod ,t he ot her is whole genome shot gun sequencing ,for microbes which are very important to us ,whole genome shot gun sequencing met hod is very conve nient . In t his article we discussed t he library construction 、long - to - short - ratio of insert , 、total number of reads should be sequenced 、assembly and gap filling technologies of t he whole microbial genome shot gun sequencing met hod while some examples presented . Key words :microbial ; whole genome ; shot gun sequencing 　　微生物个体小 ,作用大 ,有着非常重要的工农业和医学应 80 年代初 Sanger 成功地用鸟枪法完成了一种 λ噬菌体的全 ( [ 17 ] 用价值 。自从 1995 年第一个微生物嗜血流感菌 Haemop hilus 基因组序列测定 ,之后该方法又被成功地应用于更大一 inf luenz ae R d) [ 1] 基因组的全序列完成全部测定以来 ,到 2001 些的病毒 DNA [ 18 ] 、细胞器 DNA[ 19 ,20 ] 、以及细菌基因组DNA