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分子力场与分子力学Force field and Molecular Mechanics 原子与分子层次上的物质 2003年諾貝爾化學獎:-細胞膜通道之謎 2003年的諾貝爾化學獎，頒給了兩位美國科學家：約翰霍普金斯大學醫學院的阿格雷（Peter Agre）與洛克斐勒大學霍華休斯醫學研究中心的麥金農（Roderick MacKinnon）。他們獲獎的研究都與細胞膜上的通道有關，瑞典皇家科學院在10月8日發佈的新聞稿中指出，阿格雷是因為「發現水通道」與麥金農「在離子通道的結構與機制上的研究」，而共享2003的諾貝爾化學獎。 The 2003 Nobel prize for Chemistry 2003諾貝爾化學獎頒給了兩位醫生，或許有些奇怪，然而仔細的去瞭解他們所做的工作就會發現，其實他們的研究已經深入到了原子的層次，那不是化學又會是什麼呢！這其實也告訴了眾多對生命科學有興趣的年輕人，其實真正精采的還是在這個化學的層次。 The 2003 Nobel prize for Chemistry Water channels in cell membranes 分子力学和分子力场 很多情况下，对大分子体系的处理可以完全避免使用量子化学计算。分子力学模拟使用古典力学模型（例如谐振子）描述化合物的能量。分子力学模型的所有常数均通过实验数据或第一原理计算结果得到。参数和函数的优化结果称为分子力场。 进行参数化的化合物库对分子力学方法的计算成功与否至关重要。针对某类分子优化的力场只有在应用于同类分子时才可保证得到可信的结果。 分子力场 分子力场: 根据量子力学的波恩-奥本海默近似，一个分子的能量可以近似看作构成分子的各个原子的空间坐标的函数，简单地讲就是分子的能量随分子构型的变化而变化，而描述这种分子能量和分子结构之间关系的就是分子力场函数。 分子力场 定义: A classical forcefield consists of: 1. analytical functional forms describing the interactions 2. parameters in these functional forms The forcefield is fit to experimental data from a small set of molecules, with the goal that the forcefield will accurately interpolate and extrapolate to other systems. The classical forcefields are fit to reproduce observables such as structures and relative energies, so the significant quantum mechanical effects (i.e. covalent bonds) are included empirically  分子力场 Force field (also called a forcefield) refers to the functional form and parameter sets used to describe the potential energy of a system of particles (typically but not necessarily atoms). 分子力场 分子力场函数为来自实验结果的经验公式，可以讲对分子能量的模拟比较粗糙，但是相比于精确的量子力学从头计算方法，分子力场方法的计算量要小数十倍，而且在适当的范围内，分子力场方法的计算精度与量子化学计算相差无几，因此对大分子复杂体系而言，分子力场方法是一套行之有效的方法。 分子力场 分子动力学 蒙特卡罗方法 分子对接等分子模拟方法中有着广泛的应用. 分子力场 分子力学 分子力学，又叫力场方法（force field method），目前广泛地用于计算分子的构象和能量。 分子力学 分子力学的基本思想-1930，D.H.Andrews 在分子内部，化学键都有“自然”的键长值和键角值。分子要调整它的几何形状（构象），以使其键长值和键角值尽可能接近自然值，同时也使非键作用（van der Waals力）处于最小的状态，给出原子核位置的最佳排布。 分子力学 分子的经典力学模型-1946，T.L.Hill T.L.Hill提出用van derWaals作用能和键长、键角的变形能来计算分子的能量，以优化分子的空间构型。 Hill指出：“分子内部的空间作用是众所周知的，（1）基