MEGA软件的使用初探-abc.PDFVIP

MEGA软件的使用初探 胡亚平 82101061040 一、MEGA的安装和 主操作界面 • MEGA软件的安装过程与其 他在windows下使用的软件 一样，比较方便。 • MEGA软件同 样具有纤细的 使用说明，我 们可以按照使 用说明一步步 进行操作。本 次作业主要使 用它的序列比 对和构建系统 发育树的功 能。 二、利用MEGA进行序列比对 • 在ABC 的网站中可以直接用MEGA打开后 缀为*.fasta格式的序列。如果我们使用自 己的序列，可以建一个TXT 的文档，输入 fasta格式的一系列序列，保存时命名为 *.fasta文件就可以进行被MEGA所正确识 别。我们先选取SBPD-50Seq进行练习。 • 序列被正确识别后，我们可以利用MEGA 进行序列比对，先edit/select all选中要比 对的序列，然后在alignment/align by clustalw进行比对，在弹出的界面可以更 改参数，点击OK得到结果。 • 得到的序列比对结果可以保存为MEG格式的文件， 以便进行后续的建系统发育树等操作。以*.fasta格式 保存的文件进行序列比对的过程也基本相同。 三、利用MEGA在NCBI等网站下 载并保存数据 • MEGA可以作为浏览器查看 NCBI等网站的页面，可以 在其中查找感兴趣的基因序 列并保存在MEGA中 • 在得到需要的序列后可以 点击add to alignment保 存序列。 • 保存的序列可 以进行比对后 保存为 *.MEG，以便 进行后续操 作，也可以保 存为*.fasta格 式的文件。 • *.MEG格式的文件可以用来构建系统发育 树，我可以构建四种类型的树，分别为 neighbor joining、maximum parsimony 、 minimum evolution和UPGMA四种算法。 我用neighbor joining 法构建的减数分裂基 因mnd1在不同物种中 同源基因的系统发育 树。可以用不同的模 式显示。 四、用MEGA估算进化距离 • 打开前面保存的*.meg文件，点击Distance|Compute Pairwise command (F7) 显示操作参数；设定好Models等 参数后点击Compute启动计算，得到如上图的结果。 MEGA也可以用来显示不同序列 氨基酸组成比