癌胚抗原CEA三维空间结构同源模建.PDFVIP

癌胚抗原CEA 三维空间结构同源模建 Homology Modeling of CEA —protein tertiary structure prediction （生命科学学院 生化与分子生物学 07 级 王吉龙 s1b2 ） 一，结构预测的作用 目前，对比核酸测序，通过实验方法进行的蛋白质三维结构解析的速度要慢 很多。这样导致了核酸序列信息与蛋白质三维结构信息之间的鸿沟越来越大。而 蛋白质三维结构的预测目的就是减小这个鸿沟。预测的结构信息虽没有 X 射线 或NMR 方法得到的蛋白质结构那么准确，但预测得到的结构信息可以用来合理 设计生化实验，如：点突变，蛋白质的稳定性或功能分析。另外，预测的结构信 息也可以用来辅助分析一些实验结果。 二，同源建模法预测蛋白质的三维结构 1、基本原理 同源建模法(homology modeling)又称比较建模法（comparative modeling ）。 两个蛋白质的序列具有很高的相似性，则它们可能具有相似的三维结构。如果通 过X 射线或NMR 方法得到一个蛋白质（模板蛋白）的结构，就可以将该结构复 制给另一个与其序列相似的结构未知蛋白，由此预测的蛋白质结构具有很高的可 信度。同源建模通过未知结构蛋白与模板蛋白比对，可以产生一个全原子坐标结 构模型。 2 、基本步骤 挑选模板（template selection ）；序列比对；基本骨架模型的建立；连接环(loop) 的建模；侧链精修；使用能量方程进行模型精修。下面以CEA 结构的预测为例 加以说明： (1) 挑选模板 在蛋白质结构数据库中挑选合适的同源序列来作为建模的模板，通常在PDB 数据库中搜索。这种搜索可以使用 BLAST 或FASTA 等启发式序列比对搜索程 序。也可以使用SSEARCH 或ScanPS 等动态规划法的搜索程序，这样可以得到 更将灵敏的搜索结果，而相对较小的蛋白质结构数据库，是这种动态规划法搜索 得以实施的基础。 在CEA 结构预测中，通过文献阅读得到CEA 是免疫球蛋白家族成员，具有 七个免疫球蛋白结构域。这里主要对其氮端三个结构域 CEA(N), CEA(1A), CEA(1B) 进行建模。挑选了CD2(R1), CD4(H1), CD4(H2), 1REI(V), 3FAB(VH), 和3FAB （VL ）（这些结构是储存在Brookhaven 的蛋白质结构数据库中的，而不 是PDB 数据库）作为待选模板，然后使用ALIGN 程序进行序列比对，来选择合 适的模板蛋白序列。这里需要注意，合适的模板并不一定意味着是序列比对的分 最高的蛋白序列，还要综合考虑较高的序列相同性，结构的分辩率，合适的辅因 子和一致的保守位点等。这里选择CD4(H2)作为CEA （1B）的主要模板，是因 为它们具有较高的相似性，但它没有该保守二硫键，故还选择CD4(H1)和1REI(V) 作为模板构建二硫键（C225-C265 ）对应区域，即225-237 位和252-265 位使用 CD4 （H1 ）为模板。最终 CEA(N) 以 CD2(R1), CD4(H1) 和 1REI(V) 为模板； CEA(1A) 和CEA(1B) 以CD4(H1), CD4(H2) 和1REI(V)为模板。 (2)序列比对 选择好模板后，目标蛋白和模板蛋白需要使用修改过的比对算法进行重新比 对，来找到最佳比对结果。重新比对是同源建模中关键的一步，它将直接影响最 终模型的质量。重新比对中发生的错误，可将同源残基分配到错误的位置上，并 且在后续的步骤中是无法改正的。因此，应该综合使用不同比对算法的程序，如 Praline 和 T-Coffee 等，进行序列比对。但是最好的比对算法也可能出错，所以 我们应该人工检查，来保证保守的关键残基进行了正确的比对。必要时，还要做 一些手动修改来提高比对质量。 在 CEA 结构预测中，使用了手动修改，来确保以下几方面：(i)保证关键的 折叠标记位点进行了比对，如C 链保守的色氨酸，保守