核酸序列分析双序列比对多序列比对EST分析基因结构分析.PDF

第六章 核酸序列分析  双序列比对  多序列比对  EST分析  基因结构分析 双序列比对  找出两条序列间的最大相似性或显 著性匹配  工具 NCBI_Blast2 WebLab_needle OATP1A2 Transcript Variant 2 1_mRNA OATP1A2 Transcript Variant 2 1_mRNA 多序列比对  描述一组序列之间的相似性关系 寻找某个基因家族的共同特征 （如motif、domain等） 将序列聚类用于分子进化分析  以双序列比对为基础，采用渐进比对的算法。  最常用的是Clustal，基本思路：先对所有序列进行两两比 对并计算它们的相似性分值，然后根据相似性分值将它们 分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分值。 根据相似性分值继续分组比对，直到得到最终比对结果。 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2 EST分析 EST （Expressed sequence tag ），表达序列标签， 是指从cDNA文库中随机挑选单克隆测序获得的序列 片段，一般为500 bp左右。 EST简便易得，常作为基因标签，可用于电子克隆， 预测基因及基因表达水平分析等。 电子克隆、基因定位及表达谱分析 电子克隆 是指利用生物信息学技术组装延伸EST序列，获得目的 基因的部分乃至全长cDNA序列。 选择EST数据库，用EST序列进行Blast搜索，提取同源 序列，构建重叠群 （contig ），然后以重叠群为种子序 列重复搜索、拼接，使得序列获得延伸。 利用小鼠 （mus musculus ）的 PILRA基因克隆大鼠的PILRA基因 http://pbil.univ-lyon1.fr/cap3.php Contig 1_BlastX Contig 2_BlastX 对contig 1 再次 比对，未搜索到 新的高度相似 EST序列。 为获取更多的EST序列，还可选择tblastn 及 tblastx工具。 EST序列质量对拼接结果有影响，故拼接所选 EST的E值要尽量小，数量不能太多。 起始EST序列需要先利用工具去除污染序列 有些基因的EST数据缺乏则无法进行电子延伸 电子克隆的结果最终需要利用实验方法验证 基因定位及基因表达谱分析 UniGene ：EST Profile GEO Profile 基因定位及表达部位，进行实验验证的依据。 120 100 80 60 40 20 0 基因