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生物信息学 第三章 序列比对 I 为什么要序列比对？ 寻找进化过程中的同源序列; 基于同源物鉴定的功能预测; 基本假设： 通常 序列的保守性 功能的保守性 注意：  蛋白质一般在三级结构的层面上执行功能；  蛋白质序列的保守性决定于其编码DNA的保守 性； 序列间比对的对应关系  Match (a,a): 匹配  Replace (a,b) :替代  Delete (a,-) : 缺失  Insert (-,b) : 插入 PKDFC-ALV || || | | PK-FCKAIV 序列比对工具的开发  1970年，Gibbs AJ 和McIntyre GA ，点阵法进行氨 基酸和核酸的序列比较：当相同的字母在两条序列中 同时出现时，在交叉处置点。  1970年，Needleman-Wunsch ，全局优化的序列比对 算法：允许匹配、错配和缺失。动态规划的算法：任 务可分割，分成更小的子问题进行解决。  1981年，Smith-Waterman ，局部优化的序列比对算 法。  FASTA BLAST的开发，启发式优化算法。  多序列比对：CLustalW/X, POA, MUSCLE. 序列比对的全局优化 vs. 局部优化 ACTGTTCCGAA… …100kbp……AGCCTGA… …100kbp……ACTACTG ACGCCTG 全局优化 ACTGTTCCGAA… …100kbp……AGCCTGA… …100kbp……ACTACTG AC…GCC…TG 局部优化 ACTGTTCCGAA… …100kbp……A-GCCTGA……100kbp……ACTACTG ACGCCTG 序列比对模型分类 全局比对 从全局序列出发，考虑序列的整体相似性； 局部比对 考虑序列部分区域的相似性； 生物学基础：蛋白质功能位点往往是由较短的 序列片段组成，具有相当大的保守性； 局部比对往往比全局比对具有更高的灵敏度 ，其结果更具生物学意义。 本章内容提要 第一节：双序列比对算法 Dot matrix 动态规划算法 Needleman-Wunsch算法 Smith-Waterman算法 FASTA和BLAST算法 第二节：打分矩阵及其含义 第三节：多序列比对 第一节 ，双序列比对算法 1. Dot Matrix，点阵法 2. 动态规划算法： Global: Needleman-Wunsch Local: Smith-Waterman 3. Word or k-tuple算法：FASTA, BLAST 1 ，点阵法 1970年，Gibbs McIntyre ； 寻找两条序列间所有可能的比对； 发现蛋白质或者DNA序列上正向或者反向的 重复； 发现RNA上可能存在的互补区域。 工具： http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet /molkit/dnadot/ 两条DNA序列的点阵法比较 AGCTAGGA GACTAGGC 点阵法 ：自身的比对