基于加性噪声模型的基因调控网络构建算法-哈尔滨工业大学学报.pdfVIP

第４７卷　 第 １１期 哈　 尔　 滨　 工　 业　 大　 学　 学　 报 Ｖｏｌ４７ Ｎｏ１１ 　 　 ２０ １５年１１月 ＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＨＡＲＢＩＮ ＩＮＳＴＩＴＵＴＥ ＯＦ ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ Ｎｏｖ． ２０１５ 　 　 　 　 　 　 ｄｏｉ：１０．１１９１８／ ｊ．ｉｓｓｎ．０３６７⁃６２３４．２０１５．１１．００４ 基于加性噪声模型的基因调控网络构建算法 王春宇，宋建春，郭茂祖，邢林林，刘晓燕 （哈尔滨工业大学 计算机科学与技术学院，１５０００１哈尔滨） 摘　 要：为在统计推断方法通过相关性来筛选基因对时，能够体现调控关系的因果性，受因果定向算法能够有效定向调控关 系的启发，将加性噪声模型与因果定向算法相结合，用基于加性噪声的定向算法度量因果关系的程度，提出了一种基因调控 网络构建的算法． 该算法首先将加性噪声模型的因果定向算法扩展为一个特征选择算法，并通过建立调控因子集合与每个基 因间的加性噪声模型来选择基因的调控因子． 在ＤＲＥＡＭ５ 的３个数据集上的实验结果显示，结果比其他算法有明显提升，该 算法可有效构建基因调控网络． 关键词：加性噪声模型；因果定向；基因调控网络；特征选择 － － － 中图分类号：ＴＰ３９１ 文献标志码：Ａ 文章编号：０３６７ ６２３４（２０１５）１１ ００２２ ０５ Ａｄｄｉｔｉｖｅ ｎｏｉｓｅ ｍｏｄｅｌ ｂａｓｅｄ ｇｅｎｅ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｎｅｔｗｏｒｋ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ＷＡＮＧ Ｃｈｕｎｙｕ，ＳＯＮＧＪｉａｎｃｈｕｎ，ＧＵＯ Ｍａｏｚｕ，ＸＩＮＧ Ｌｉｎｌｉｎ，ＬＩＵ Ｘｉａｏｙａｎ （Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｈａｒｂｉｎ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１５０００１Ｈａｒｂｉｎ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｒｅｐｒｅｓｅｎｔ ｃａｕｓａｌｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｗｈｅｎｒｅｌｅｖａｎｃｅｍｅａｓｕｒｅｉｓｕｓｅｄｉｎ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｉｎｆｅｒｅｎｃｅｍｅｔｈｏｄｓｔｏ ｆｉｌｔｅｒ ｇｅｎｅ ｐａｉｒ，ｉｎｓｐｉｒｅｄ ｂｙ ｔｈｅ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｔｈａｔ ｃａｓｕａｌ⁃ｅｆｆｅｃｔ ｏｒｉｅｎｔａｔｉｏｎ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｃａｎ ｉｄｅｎｔｉｆｙ ｄｉｒｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｃａｕｓａｌ⁃ ｅｆｆｅｃｔ ｖａｒｉａｂｌｅｓ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｌｙ，ｗｅ ｐｒｏｐｏｓｅ ａｎ ａｄｄｉｔｉｖｅ ｎｏｉｓｅ ｍｏｄｅｌ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｎｅｔｗｏｒｋ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｂｙｕｓｉｎｇａｄｄｉｔｉｖｅｎｏｉｓｅｍｏｄｅｌｏｒｉｅｎｔａｔｉｏｎａｌｇｏｒｉｔｈｍｔｏｍｅａｓｕｒｅｄｅｇｒｅｅｏｆ ｃａｕｓａｌｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ．Ｔｈｅａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｅｘｔｅｎｄｓａｄｄｉｔｉｖｅ ｎｏｉｓｅ ｍｏｄｅｌ ｂａｓｅｄ ｏｒｉｅｎｔａｔｉｏｎ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｔｏ ａｆｅａｔｕｒｅ ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ，ａｎｄ ｂｕｉｌｄｓＡＮＭｍｏｄｅｌ ｏｆ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒｓ ｓｅｔ ａｎｄ ｅａｃｈ ｇｅｎｅ ｔｏ ｓｅｌｅｃｔ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒｓ ｏｆ ｇｅｎｅ． Ｉｎ ｔｈｅ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ ｏｆ ｔｈｒｅｅ ｄａｔａｓｅｔｓ ＤＲＥＡＭ５，ｔｈｅ ｍｅｔｈｏｄ ｈａｓ ｃｌｅａｒ ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ ｉｎ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｗｉｔｈ ｏｔｈｅｒ ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ， ａｎｄ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｕｓｅｄ ａｓ ａｎ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｔｏ ｂｕｉｌｄ ｇｅｎｅ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｎｅｔｗｏｒ