复杂生物网络及非编码rna参与的双色网络.pdfVIP

第 8 卷第 1 期 信息技术快报 Vol.8 No.1 Information Technology Letter Jan. 2010 复杂生物网络及 非编码 RNA 参与的双色网络 刘长宁 孙世伟 赵屹 卜东波 摘要： 非编码核糖核酸（noncoding RNA, ncRNA ）和复杂生物网络是目前生物学研究，特别是基因组研究 领域快速发展的两个方向，也是生物信息学研究所关注的热点。本文分别对非编码核糖核酸研究以及复杂 生物网络研究的相关背景和最新研究进展，特别是生物信息学在其中的应用进行了介绍，并进一步讨论了 将非编码核糖核酸引入复杂生物网络研究的重要意义以及下一步的可能工作方向。 关键词：生物信息学；蛋白质相互作用网络；非编码RNA基因；复杂网络分析 1 1 引言 v 6 7 继 1995年流感嗜血杆菌基因组全序列测序完成之后 [1]，一系列生物的全基因组被测定， 1 0 特别是在2004 年人类基因组序列测定的基本完成 [2] 标志着生物学研究后基因组时代到来。 0 作为生物遗传信息的载体，基因组全序列的测定完成给我们提供了丰富的信息，但同时也给 . 3 我们带来了新的问题。传统观念认为生物的复杂性是由编码蛋白质基因的规模决定的，但通 0 7 过物种间基因组序列的比对分析，我们发现人类和线虫虽然在生命的形态和复杂程度上有着 1 巨大的差别，但两者编码蛋白质基因的数目相差却并不大 [3] 。那么究竟还有什么原因造成 0 了人类和线虫之间这么巨大差别呢？已有研究表明生命体可以表示为一个复杂的动态变化 2 : 的网络。网络中的节点是各种生物分子，如脱氧核糖核酸（DNA ）、核糖核酸（RNA ）、蛋 v i 白质，它们之间的关联表示为边（无向边，如蛋白相互作用）或箭头（有向边，如基因调控 X 关系）[4,5] 。系统生物学认为这种网络关系正是生命复杂性的源泉，各种复杂的生命现象都 a n 是由网络中各节点之间的不同相互作用、调控关系的组合和动态变化产生的。生命复杂度的 i 增加可以通过两种不同的途径：首先是增加网络中的节点数目，即在网络中添加更多的蛋白 h c 质和核糖核酸从而扩大网络的规模；更重要的是通过加强网络中节点间相互作用动态调整的 能力和引入新的节点间相互作用机制。因此，对于生命的研究需要从整体出发，研究生命网 络中的这些复杂的相互作用和调控关系，而不是仅仅孤立地研究一个个网络中的节点 [6] 。 非编码核糖核酸基因是指转录后无需翻译成蛋白质，而直接以核糖核酸形式行使生物功 能的基因 [7,8] 。非编码核糖核酸在包括染色体表观遗传修饰、信使核糖核酸（mRNA ）转录 和降解、蛋白质的运输、核糖核酸的加工修饰等多个重要环节发挥功能 [9-12] ，同多种疾病 以及肿瘤的发生密切相关 [13-16] 。随着大量非编码核糖核酸在多种模式生物中的相继发现， 对非编码核糖核酸的研究已经成为生物学研究中的重点和热点 [17-19] 。生物网络中非编码核 糖核酸的加入大大增加了生命的复杂性：首先它在网络中增加了数以万计的节点，扩大了网 络的规模；更重要的是它在网络中增加了各种新的相互作用机制，例如近年来才发现的微型 核糖核酸（miRNA ）1对信使核糖核酸的互补抑制作用就在生物复杂网络中引入了一个全新 的转录后调控层次 [10] 。由于认识到非编码核糖核酸的出现对生物网络可能