鸟巢蕨转录组高通量测序及分析-园艺学报.pdf

园 艺 学 报 2014 ，41（11）：2329 –2341 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 鸟巢蕨转录组高通量测序及分析 贾新平，孙晓波，邓衍明，梁丽建，叶晓青* （江苏省农业科学院农业生物技术研究所，江苏省农业生物学重点实验室，南京 210014 ） 摘 要：采用新一代高通量测序技术 Illumina HiSeq 2000 对鸟巢蕨转录组（Asplenium nidus ）进行测 序，共获得 29 254 595 个序列读取片段（reads ），包含了 5 908 586 517 个碱基序列（bp ）信息。对reads 进行序列组装，共获得 42 907 个单基因簇（Unigene ），平均长度 936 bp，序列信息达到了 40.16 Mb 。数 据库中的序列同源性比较表明，24 993 个 Unigene 与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。鸟巢蕨 转录组中的 Unigene 根据 GO 功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程 3 大类 51 个分支，其中 有大量的 Unigene 与代谢进程、结合活性、催化活性和细胞进程相关。将 Unigene 与 COG 数据库进行比 对，根据其功能大致可分为 24 类。KEGG 数据库作为参考，依据代谢途径可将 Unigene 定位到 116 个代 谢途径分支。SSR 位点查找发现，从 42 907 个 Unigene 中共找到 6 067 个 SSR 位点。SSR 不同重复基序 类型中，出现频率最高的为 AG/CT ，其次是AC/GT 、A/T 和 AGG/CCT 。针对这些序列，设计了20 对引 物进行了扩增效率和多态性检测，其中 7 对引物在不同蕨类材料中表现出多态性。 关键词：鸟巢蕨；转录组；生物信息学；功能注释；SSR 中图分类号：S 68 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2014 ）11-2329-13 Sequencing and Analysis of the Transcriptome of Asplenium nidus * JIA Xin-ping ，SUN Xiao-bo，DENG Yan-ming ，LIANG Li-jian ，and YE Xiao-qing （Provincial Key Laboratory of Agro Biology ，Institute of Agro-biotechnology ，Jiangsu Academy of Agricultural Sciences ， Nanjing 210014 ，China ） Abstract ：The transcriptome of Asplenium nidus was sequenced by Illumina HiSeq 2000 platform that is a new generation of high-throughput sequencing technology to study the expression profiling and predict the functional genes. The target sample sequencing ，a total of 29 254 595 reads fragment contains 5 908 586 517 bp in sequence information were generated. A total of 42 907 unigenes contains 40.16 Mb in sequence information were formed by initial sequence splicing，with an average read length of 936 bp. 24 993 un