基于GEO结直肠癌芯片数据的生物信息学分析.pdfVIP

国际医药卫生导报 2017年第 23卷第 8期 IMHGN，April2017，Vo1．23 No．8 基于 GEO结直肠癌芯片数据的 生物信息学分析 罗金现 高训锋 温建燔 510317 广州，广东省第二人民医院普外二科 通信作者：温建燔，E—mail：wenjianfan927@163．com DOI：10．3760／ema．j．issn．1007—1245．2017．08．011 【摘要】 目的 利用生物信息学分析方法，挖掘结直肠癌 (CRC)的关键基因并探索其发病机制。 方法 在公共基因芯片数据库 (GEO)中下载结直肠癌表达谱芯片数据 ，在 GCBI实验室中筛选出结直肠 癌显著差异的基因，分别对显著差异基因作 GO富集分析 、KEGG通路分析、蛋白质相互作用 (PPI)网 络分析。进一步利用cytoscape将 PPI结果建立互作模块。结果 通过差异分析得出在正常结直肠组织、 结直肠腺瘤 、结直肠癌中表达量逐步明显下调的基因有 492个 ，逐步明显上调的有248个，共有 740个 显著差异基因。GO富集分析主要体现在各种代谢过程、细胞增殖、信号调节、RNA聚合酶II转录因子 活性等。KEGG信号通路主要富集在癌症转录失调、细胞周期及p53信号通路等。并利用互作模型筛选出 CDK1、MCM2、CDC6、CCNA1、CCNB2、CDKN1B、ORC1、E2F1、CHEK1、PCNA等 45个与结直肠癌 发生发展关系密切的关键基因。关键基因主要富集在细胞周期、病毒致癌机理 、癌症相关 、p53及PI3K— Akt等信号通路。结论 通过生物信息学对基因芯片数据的分析 ，能获取结直肠癌的关键基因及其相关通 路，为后续研究提供依据。 【关键词】 生物信息学；结直肠癌；基因芯片；差异基因 基金项 目：广东省第二人民医院2015年院青年基金 (YQ2O15—007) BioinformaticsanalysisofcolorectalcancergenomemicroarraybasedonGEO database LuoJinxian，Gao Xunfeng,WenJianfan GeneralSurgery,GuangdongNo．2ProvincialPeoplesHospitalGuangzhou510317，China Correspondingauthor．WenJianfan，E-mail．wenjianfan927@163．com 【Abstract】 ObjectiveToexplorethekeygenesandpathogenesisofcolorectalcancer(CRC)by bioinofrmaticsanalysis．M ethodsThemicroarraydataofwholegenomeexpressionprofilescontainingnormal colorectaltissue，colorectaladenoma，andcolorectalcancerweredownloadedfrom theGEO andidentified differentialexpressiongenes(DEGs)ofcolorectalcancerbyGCBI．TheDEGswereanalyzedbygeneontology (GO)，KEGGpathway,andprotein—proteininteraction(PPI)network．Then，theinteractionmodelwasestablished bycytoscapeusingPPIresults．ResultsAtotalof740DEGs(248upregulatedand492downregulated)were obtainedwhengeneexpressiongraduallyincreasedorgraduallyreducedinnomr alcolorectaltissue，colorectal adenomatissue，andcolorectalcancertissue．GO analysisresultsshowedthatDEGsweresignificantlyenriched inmetabolicprocesses，cellproliferation，regulationofsignaling，andRNA polymeraseIItranscriptionfactor activity．KEGG pathwayanalysisshowedtheDEGswereenrichedin