accounting for large amplitude protein deformation during in silico macromolecular docking占大的振幅在硅片大分子蛋白质变形在对接.pdfVIP

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2017-09-07 发布于上海
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Int. J. Mol. Sci. 2011, 12, 1316-1333; doi:10.3390/ijm OPEN ACCESS International Journal of Molecular Sciences ISSN 1422-0067 /journal/ijms Review Accounting for Large Amplitude Protein Deformation during in Silico Macromolecular Docking ´ Karine Bastard , Adrien Saladin and Chantal Prevost LABIS, Genoscope, CEA, 2 rue Gaston Cremieux, F-91057 Evry Cedex, France; E-Mail: kbastard@s.fr ˆ ´ ` MTI, INSERM UMR-S 973, Paris Diderot-Paris 7 University, Bat Lamarck, 35 rue Helene Brion, F-75205 Paris Cedex 13, France; E-Mail: adrien.saladin@univ-paris-diderot.fr LBT-UPR 9080 CNRS, IBPC, 13 rue Pierre et Marie Curie, F-75005 Paris, France Author to whom correspondence should be addressed; E-Mail: chantal.prevost@ibpc.fr; Tel.: +33-(0)1 58 41 51 71, Fax: +33-(0)1 58 415 026. Received: 10 December 2010; in revised form: 7 January 2011 / Accepted: 8 February 2011 / Published: 22 February 2011 Abstract: Rapid progress of theoretical methods and computer calculation resources has turned in silico methods into a conceivable tool to predict the 3D structure of macromolecular assemblages, starting from the structure of their separate elements. Still, some classes of complexes represent a real challenge for macromolecular docking methods. In these complexes, protein parts like loops or domains undergo large ampl