如何使用mega的.docVIP

用MEGA4做进化树的步骤 1、由BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 搜索 ，获得所需要的序列，并保存为txt格式。 2.对所搜到的序列名称进行修改：注意种名保留例如：H2-8。 利用CLUSTAL X 软件进行多序列比对，同时进行修饰序列，去掉突出的前段序列和后部序列，使序列变整齐。如下图所示 修饰后如下： 3、修饰好保存，会有两个格式的文件.aln、.dnd保存，打开MEGA4。 4、MEGA4只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。点File:Convert to MEGA Format...打开转换文件对话框，如下图所示： 5、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK。如下图所示： 6、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录，如下图所示： 7、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg文件 。如下图所示： 8、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。然后点OK就行了。如下图所示： 有错误的地方可手工删除： 9、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型 10、现在可以开始做系统进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致。如下图所示： 所得系统树如下： 也可以切换树的显示模式 调整树显示选项，比如树枝的粗细，字体以及字体大小等 最后通过得出的系统进化树进行分析，可看出物种之间的亲缘关系，每个节点代表其各分支的最近共同祖先点间的线段长度对应演化距离 对序列名称进行修改 保存到文件夹 可删除