原创力文档- 1、本文档共20页，可阅读全部内容。
- 2、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。
查看更多
Mothur软件用于OTU分析或序列分型(sequence type,ST)
Mothor分析atpD过程记录;1.用Mothur确定OTU;如何在dos环境下运行mothur？;(3) 打开mothur，注意在英文输入法下打开mothur，否则会造成程序不响应。
;(4) 调用dist.seqs指令，产生距离矩阵；;运行之后产生一个输出文件：
注意文件格式：xxx.phylip.dist，该文件位于同一个目录下，见下页。;生成的文件：atpD_Aligned-fasta.phylip.dist;说明：与Mega5中形成的距离值类似。;（5）读入距离矩阵，用cluster进行OTU聚类(PS: mothur的早期版本此处要用read.dist先读入距离矩阵，最新版本将其与cluster指令整合在一起);回车，屏幕显示如下结果：;(7) 输出OTU的分类结果，用bin.seqs指令;用记事本打开atpD_Aligned-fasta.phylip.fn.unique文件，即可看出将每个序列归到不同的种类里去，即OTU。从中可看出，12个序列共有7个OTU。这与Mega5中聚树结果是一致的。;给出独特的序列：7个OTU，
99%相似性以上的：5个OUT，输出的文件见相应的名字。;???开文件如下，将序列归类，与前面的一致，但是没有了序列，只有序列号名字。如果为unique，则表示某一个序列与其它的全一样，或全不一样。并将其中一个序列定为代表序列，如atpD_15644。;这张片子在我处理的数据中没有，因为没有低于97%的序列，因此没有出现这种情况。;一篇博士论文中提到的Unique.seq也应与前面的原理一样。可以试着做一下。;使用unique.seqs分析独特的序列类型;新生成的文件;打开文件;谢谢！
文档评论（0）