抗病基因连锁图谱连锁顺序.pptVIP

东北农业大学大豆研究所生物技术应用研究进展情况 东北农业大学大豆研究所 中国 · 哈尔滨 东北农业大学大豆研究所生物技术研究概况 大豆遗传图谱构建 大豆功能基因分离与鉴定 抗病基因分子标记 重要农艺性状QTL分析 大豆SMV抗病相关表达谱分析 大豆功能基因转化研究 大豆资源分析 一、大豆遗传图谱构建 1.1 材料与方法 群体构建 Charleston ×东农594 F2:10 RIL 154 SSR分析 大豆总DNA的提取 SSR引物 SOYBASE 引物扩增 数据统计及分析 遗传作图 Mapmaker/EXP3.0 / MapChart 2.1 1.2 研究结果——SSR引物及位点评价 SSR引物扩增结果分析 500对绝大多数有稳定扩增产物 194对有多态 多态率为38.8%。 164对群体扩增 大多数产物只有一个片段，以引物名命名其座位名称 SSR位点在RILs株系中的分布 161 SSR整合到遗传图谱 89 （55.28%）SSR引物符合1:1分离比 72 （44.72%）SSR引物偏分离 原因：一些引物在143个RILs群体中缺失较多 一些RILs位点杂合个数较多 15个sat_091、satt009、satt012、satt584、satt521 重组自交系材料构建过程可能导致偏分离的产生 研究结果——RIL群体株系的评价 RIL群体遗传结构分析 群体的遗传结构各株系亲本的基因型组成 父母本对群体总体及各株系的遗传贡献率 东农594平均遗传贡献率为46%，对各株系分布在14-80% Charleston平均遗传贡献率为53%，对各株系分布在20-86% RILs群体株系评价 各株系的多样性指数（SHANNON）均值为4.93，分布在4.56-5.06，比较接近完全平衡时的5.04 平均遗传相似系数为0.892，0.682-0.997，部分集中在0.95-0.98 研究结果——遗传图谱构建 大豆遗传图谱NEAUSRI — GMS 1913.5cM 20连锁群 161 SSR 标记间平均距离为11.89cM 每个连锁群长度变动在0.4cM-309.5cM之间 连锁群上的标记数在2-28个之间 与国内外图谱比较 NEAUSRI遗传图谱 97/161 SSR引物与国内外对应连锁群上的相同引物对应 对应引物从GM2-A2、GM13-H、GM18-M的1个到GM7-D1a 12个 平均配对个数为4.85个 对应个数少的连锁群主要是本研究中SSR引物较少的几个连锁群 大豆抗病相关基因的分离与鉴定 大豆其它基因的分离 2.1.2 研究结果—抗病基因同源序列的获得 提取绥农10号叶片总RNA 目的cDNA片段的克隆及鉴定 克隆的鉴定-蓝白斑筛选 克隆的鉴定-质粒酶切 M1 1 2 3 4 5 6 7 M2 SR1全长cDNA的获得 5′RACE的扩增结果——以RNEAU-1为耙序列 3RACE扩增结果 5RACE和3RACE与靶序列RNEAU-1的拼接 将5RACE序列、3RACE序列与靶序列RNEAU-1进行了拼接，得到3574bp的拼接序列。 全长cDNA序列的获得 全基因测序 3574bp全长cDNA序列 3411bp的开放读码框 72bp的5非翻译区 68bp的3非翻译区 20bp的多聚腺苷酸尾 73bp ATG起始密码子，3484bp TAA终止密码子 编码1137个通读的蛋白质氨基酸序列 该基因被命名为SR1 GenBank 注册号：AY193892 SR1基因的斑点杂交和Southern blot分析 大豆SR1的转录表达研究 水杨酸对SR1表达的影响 绥农10号基因组的克隆 与SR1cDNA序列的比对 2.2 大豆其它基因的分离 大豆抗逆相关基因延伸因子1A的分离 研究方法 抗逆相关基因延伸因子1A 抗逆相关基因延