转录组数据分析解读和实例操作.pdfVIP

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2017-09-08 发布于北京
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转录组数据分析解读和实例操作.pdf

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转录组数据分析解读及实例操作罗奇斌奇云诺德QY NODE 德国慕尼黑工业大学 Second generaon sequencers 2 3 4 常规分析 5 实验流程 6 分析所需工具 •  Bowe soware –  hp:///index.shtml/ •  SAM tools –  hp:/// •  TopHat soware –  hp:/// •  Cuﬄinks soware –  hp://cuﬄ/ •  CummeRbund soware –  hp:///cummeRbund/ *Linux, 64bit CPU, 16G memory 7 •  RNAseq is a powerful tool to detcet the whole transciptome in cell and tissue. •  Previous RNAseq research focus on mRNA, but recent studies prove that part of functional noncoding transctipt and protein- coding RNAs are lack of polyA. Content of transcriptome 1.  Genes: expression , alterante splices 2.  Noncoding RNA: snoRNA, mRNA-like ncRNA, snRNA, some antisense transcripts, pesudogenes, retrotransposon ,and others functional RNAs 3. Some repeat elements RNA-seq的生物学重复和标准 1.  至少有两个生物学重复，除非“短时间梯度取样”　 (overlapping time points with high temporal resolution)不需要技术重复 2.  对基因注释较好的物种，只定量比较研究，可用reads大于 20M ；用于注释基因组的转录组，大于100M 3.  最好有浓度不同长度不同的绝对定量control (Spike-in)，以评估mapping质量、测序均匀性和RNA-seq定量效果 4.  “3端/5端比值”是衡量RNA完整性的关键指标(理想值是1)，也要进行计算评估 5.  样品处理流程，文库构建流程，测序机器，测序类型，分析软件，样品评估关键指标，rpkm值关键结果完备。 Background mRNA-seq