一代测序与二代测序的区别与联系.docVIP

一代测序与二代测序的区别与联系 Sanger 法测序（一代测序） Sanger 法测序利用一种 DNA 聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)， 并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于 ddNTP 缺乏延伸所需要的 3-OH 基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地在 G、A、T 或 C 处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs 和 ddNTPs 的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段，凝胶处理后可用 X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。 高通量测序（二代测序） 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统 Sanger 测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。 第一代和第二代测序技术 第X代 公司 平台名称 测序方法 检测方法 大约读长(碱基数) 优点 相对局限性 第一代 ABI/生命技术公司 3130xL-3730xL 桑格-毛细管电泳测序法 荧光/光学 600-1000 高读长，准确度一次性达标率高，能很好处理重复序列和多聚序列 通量低；样品制备成本高，使之难以做大量的平行测序 第一代 贝克曼 GeXP遗传分析系统 桑格-毛细管电泳测序法 荧光/光学 600-1000 高读长，准确度一次性达标率高，能很好处理重复序列和多聚序列；易小型化 通量低；单个样品的制备成本相对较高 第二代 罗氏/454 基因组测序仪FLX系统 焦磷酸测序法 光学 230-400 在第二代中最高读长；比第一代的测序通量大 样品制备较难；难于处理重复和同种碱基多聚区域；试剂冲洗带来错误累积；仪器昂贵 第二代 以鲁米那 HiSeq2000/miSeq 可逆链终止物和合成测序法 荧光/光学 2x150 很高测序通量 仪器昂贵；用于数据删节和分析的费用很高 第二代 ABI/SOLiD 5500xlSOLiD系统 连接测序法 荧光/光学 25-35 很高测序通量；在广为接受的几种第二代平台中，所要拼接出人类基因组的试剂成本最低 测序运行时间长；读长短，造成成本高，数据分析困难和基因组拼接困难；仪器昂贵 第二代 赫利克斯 Heliscope 单分子合成测序法 荧光/光学 25-30 高通量；在第二代中属于单分子性质的测序技术 读长短，推高了测序成本，降低了基因组拼接的质量；仪器非常昂贵 尹银亮、陈会平、毛良伟