海岛棉_SSR标记开发方案-20170407.DOC

成都 生命基线科技有限公司 Research Proposal  海岛棉SSR标记开发方案 成都 生命基线科技有限公司 project@ 2017-04-07  Chengdu Life Baseline Technology CO.LTD Tel: 400-133-5568 成都 生命基线科技有限公司 Research Proposal 目录 1.研究背景 3 2.研究 方案 3 2.1 研究对象 3 2.2研究流程 3 2.3 信息分析 5 2.3.1 原始序列列数据 5 2.3.2 测序数据过滤 5 2.3.3 SSR分析 6 2.4 结果预期 7 3. 项 目执 行行周期 7 4. 经费预算（预计60个样本，样本根据实际情况调整） 8  Chengdu Life Baseline Technology CO.LTD Tel: 400-133-5568 成都 生命基线科技有限公司 Research Proposal 1.研究背景 海 岛棉最初发现于美洲 大 西洋沿岸群岛，后传 入北北美洲东南沿海 岛屿，因 而得名。世界 长绒棉主要出 口国为埃及、美国、澳 大利利亚、苏丹丹、塔吉克斯坦等。海 岛棉 自20世纪50年年代疆外成功引进并迅速推 广以来，新疆已成为我国唯 一的海 岛棉产区，因此对海 岛棉种质资源的引进与研究具有 非常重要意义。之前有学习者利利 用ISSR和SSR分 子标记对 二倍体和四倍体棉花进 行行遗传多样性分析，表明棉花品种间存在丰富的遗传多样性。 微卫星同时 又可被称为简单重复序列列（simple sequence repeat，SSR）。SSR序列列不不仅分布在编码序列列区， 而且分布在 非编码序列列区，并且常常能够表现出 高的 长度多态性，其 一经发现就被 广泛应 用。 本研究通过测定海 岛棉新海 21号品种的全基因组 高通量量数据，通过 高级分析软件检测SSR序列列，并结合后续的分 子 生物学实验查找SSR多态标记，为海 岛棉的遗传多样性和遗传结构分析提供有效的分 子标记。 研究方案 2.1 研究对象 物种：海 岛棉新海 21 (AD)2 2.2研究流程 建议 老老师采 用简化基因组测序（rad-seq） 大概2-3G（建议做成混样的形式送测，测1个样本即可，陆地棉基因组2.43G）。 根据已经完成测序的海 岛棉新海 21 (AD)2物种，进 行行SSR检测及相关的统计分析。 根据上述确定的SSR标记， 用MISA and Primer3软件设计针对性的引物。 将设计的SSR引物在海 岛棉新海 21基组中进 行行电 子PCR分析（只保留留单位点、双位点和3位点标记，3位点的标记剔除）。 在第三步中筛选出的单位点、双位点和三位点多台性标记分别在巴 马棉acc 3-79（G. barbadense），TM-1 和亚洲棉（G. arboreum）、雷雷蒙德 氏棉（G. raimondii）中分别扩增，并分别 比较新海 21与acc 3-79（G. barbadense），TM-1，新海 21与亚洲棉（G. arboreum）、雷雷蒙德 氏棉（G. raimondii）之间的多态性标记，并对扩增结果进 行行统计。 将位于基因上的多态性标记（第4步和第5步）对其基因号已经注释信息进 行行抓取，对其中的GO 、KEGG注释结果进 行行统计。  Chengdu Life Baseline Technology CO.LTD Tel: 400-133-5568 成都 生命基线科技有限公司 Research Proposal 测序流程： 分析流程：  Chengdu Life Baseline Technology CO.LTD Tel: 400-133-5568 成都 生命基线科技有限公司 Research Proposal 2.3 信息分析 对原始数据进 行行去除接头污染序列列及低质量量reads的处理理 测序评估（ 比对率，rRNA 比例例） SSR开发 SNP位点的查找 SNP位点基因的GOPathway富集分析 SSR位点基因的GOPathway富集分析 2.3.1 原始序列列数据 高通量量测序得到的原始图像数据经碱基识别(base calling)转化为序列列数据(Sequenced Reads)，即Raw Data或Raw Reads。该结果以fastq 文件格式存储，其中包含测序reads的序列列信息及其对应的测序质量量信息。 表1 测序错误率与测序质量量值的对应关系 2.3.2 测序数据过滤 测序得到的原始测序序列列中包含有少量量不不合格的测序reads，如： 含adaptor的reads； N的 比例例 大于5%的reads； 低质量量reads(质量量值Q≤10的碱基