分子动力学模拟及自由能计算在药物分子设计中的应用.pdfVIP

分子动力学模拟与自由能计算在药物分子设计中的应用 摘要 随着计算机技术的飞速发展，计算机分子模拟在化学、生物化学以及分子 生物学领域已经成为了十分重要和活跃的前沿课题。本文采用分子动力学模 拟、量子力学从头算以及量子力学一分子力学相结合的多种方法对二胺基二硫醇 唑．5．基)丙烯酮(5clTEP)类HIv．1整合酶抑制剂进行了综合研究。 放射性核素脑显像技术在脑部疾病的医治中起着重要作用。通过计算表 明，””rc_N：s：类配合物的脑吸收能力与它们的水化自由能相关。MD模拟结果 显示BAT类配合物与MAMA类配合物的脑吸收值的大小依赖于它们的相对水 化自由能：溶剂自洽反应场方法的计算结果表明同类配合物的脑吸收值取决于 绝对水化自由能；QM／MM计算结果则证实了MAMA类配合物在水溶液中比 BAT类配合物要稳定得多，因而更难以脱离水层穿越血脑屏障，而具有相对较 小的脑吸收值。 对HIV整合酶及其抑制剂的研究对抗艾滋病药物的研制具有重要意义。本 论文通过模拟计算发现，5ClTEP分子主要是通过其中心的二酮酸(3．羟基-3-丙 烯酮)对整合酶核心区a链中的活性氨基酸残基Glul52起到抑制作用，而与之 相连的四唑基团和吲哚基团对5cITEP与整合酶的结合起到稳定作用。此外 5c1TEP抑制剂和M矿+离子在与mv．1整合酶的核心活性区域的作用中起着协 同促进的抑制作用，二者的共同存在促进了体系的稳定性，并加强了对整合酶 活性中心的作用能力。计算模拟还发现，5clTEP抑制剂中四唑基团对复合物体 系的稳定作用远大于吲哚基团。 关键词：分子模拟，放射性核素脑显像剂，”Tc—N：s2，HIV．1整合酶，5ClTEP 分子动力学模拟与自由能计算在药物分子设计中的应用 AbStraCt m01ecular With of technolo aided me computergy，compmer rapiddevelopment taskm and has a andactiVe become chemistry，biochemis仃y modeling veryimportaIlt molecular tllis dissenation，molecular biology．In dyn锄ics mechaIlical口6加埘D calculations，togcthcr埘m qualltum Ilsedto mebrain of havebeen study imagingagents mechaIlical(QM～M)method alldHIV-l inllibitor 99‘nTc-N2S2complexes infegrase hy(hxy一3一(2H—tetrazol一5．y1)一propenone(5C1TEP)． Radicalbrain rolesinthemedicaltreatmentof playimportant imagingagents thatthebmin ofme