序列上下文及其蛋白质二级结构关系.pdfVIP

序列片段的 提取。使用自编的一款小型软件在967条非冗余蛋白质数据库中按照氨基酸 残基的极性大小对提取出的序列片段在其原蛋白质中的上下文中的氨基酸 残基对目标序列的二级结构的影响概率进行逐个分析，并给出其平均影响概 率。发现序列上下文中的氨基酸残基的极性对目标序列片段的蛋白质二级结 构具有较为明显的影响。再将已提取出的目标序列按照极性的划分进行分 类，并进行二次分析。而经过分类的目标序列，这种影响概率的表现则更为 明显。 本文所使用的数据均来自于蛋白质二级结构数据库(PDB)，二级结构分 类数据库使用SCOP数据库，二级结构定义数据库选用蛋白质二级结构定义 数据库(DSSP)。经过将从网上下载得到的蛋白质数据库进行一定的格式转 换，作为本文的原始数据库。并且根据原数据库的同源性从原始数据库中提 取出967条非冗余数据作为本文的分析数据库。其目的是为了减少原数据库 的冗余数据对本文最终数据分析造成的误差。 本文所使用的分析软件是在Delphi7开发平台下自主开发的一款小型数 据处理软件。 本文在分析过程中发现，一个蛋白质序列片段的二级结构的形成，不仅 仅依赖于自身因素的影响，其临近的氨基酸残基对其