AutoDock 4.2 中文版详细教程(最新).pdf

生物分子模拟论坛 AutoDock 使用教程翻译版 V1.0 By BioMS 小组 AutoDock Version 4.2 Automated Docking of Flexible Ligands to Flexible Receptors Garrett M. Morris, David S. Goodsell, Michael E. Pique, William “Lindy” Lindstrom, Ruth Huey, Stefano Forli, William E. Hart, Scott Halliday, Rik Belew and Arthur J. Olson 翻译人员：川大-灰太狼，天理-小新，中大-小肽，大工-阿里巴巴 2012-11-20 1 生物分子模拟论坛 目 录 自动对接 引言 方法概述 新版更新内容 理论基础 自由能函数的概述 使用AutoDock 第一步：准备坐标文件 使用 AutoDockTools 生成PDBQT 文件 第二步：运行 AutoGrid 利用 AutoDockTools 创建 grid 参数文件(GPF) 第三步：使用AutoDock进行对接 在 AutoDockTools 中生成对接参数文件(DPF) 第四步：评价对接结果 对接记录文件中的信息 使用 AutoDockTools 分析对接结果 附录1：AutoDock 文件格式 PDBQT格式的坐标文件 AutoGrid 格点参数文件：GPF 原子参数文件 格点文件：Map 格点的力场文件 AutoDock 对接参数文件： DPF 格式 附录2 ：利用AutoDock 对接柔性环 引言 柔性环 参考文献 附录 3. AutoDock 参考文献 2 生物分子模拟论坛 自动对接 引言 Autodock 是一个用于预测配体和生物大分子靶标之间相互作用的自动化程序。开发这一程序的灵感源于设计生 物活性化合物中遇到的问题，特别是计算机辅助药物设计领域。生物大分子的 X-射线衍射技术的进步为我们提 供了更多重要的蛋白和核酸分子的结构。这些结构可以作为生物活性物质的靶标，用于控制动植物的疾病，或 者可以使人们简单的理解活性物质在生物学方面的作用机理。准确的了解蛋白靶标和这些活性小分子之间的相 互作用是十分重要的。因此，我们的目标就是为科研工作者提供一个计算工具，帮助他们研究蛋白质与小分子 复合物的相互作用。 任何对接计算都有两个相互矛盾的方面需要平衡：在尽可能精准的计算与合理（有限）的计算资源之间达到一 个平衡。理想的步骤是通过搜索整个系统可能的自由度，在底物和目标蛋白的结合能中找到全局能量极小值。 然而这样的工作只能在大型的工作站上实现，并且耗费和结构生物学家进行晶体结构修饰相当的时间。为了解 决这一问题，很多对接软件简化了对接的步骤。Autodock 通过两种方法的结合使用解决了以上的问题：快速的 基于格点能量的计算方法(rapid grid-based energy evaluation)和有效的扭转自