MS分子动力学模拟具体实施步骤.pdf

  第 3 章 铁基块体非晶合金‐纳米晶转变的动力学模拟过程  3.1 Discover 模块  3.1.1 原子力场的分配  在使用 Discover 模块建立基于力场的计算中，涉及几个步骤。主要有：选择 力场、指定原子类型、计算或指定电荷、选择 non‐bond cutoffs 。  在这些步骤中，指定原子类型和计算电荷一般是自动执行的。然而，在某些 情形下需要手动指定原子类型。原子定型使用预定义的规则对结构中的每个原子 指定原子类型。在为特定的系统确定能量和力时，定型原子使工作者能使用正确 的力场参数。通常，原子定型由 Discover 使用定型引擎的基本规则来自动执行， 所以不需要手动原子定型。然而，在特殊情形下，人们不得不手动的定型原子， 以确保它们被正确地设置。    图 3-1 1） 计算并显示原子类型：点击 Edit→Atom Selection，如图 3‐1 所示    图3-2 弹出对话框，如图 3‐2 所示  从右边的…的元素周期表中选择 Fe，再点 Select，此时所建晶胞中所有 Fe     原子都将被选中，原子被红色线圈住即表示原子被选中。再编辑集合，点击 Edit →Edit Sets，如图 3‐3、3‐4 所示。    图3-3 图3-4   弹出对话框见图 3‐4 ，点击 New...，给原子集合设定一个名字。这里设置为 Fe，则 3D 视图中会显示“Fe”字样，再分配力场：在工具栏上点击 Discover 按 钮 ，从下拉列表中选择 Setup，显示 Discover Setup 对话框，选择 Typing 选项 卡，见图 3‐5 。    图3-5 在 Forcefield types 里选择相应原子力场，再点 Assign （分配）按钮进行原子 力场分配。注意原子力场中的价态要与 Properties  Project 里的原子价态 （Formalcharge）一致。      3.1.2 力场的选择  1）Energy，见图 3‐6 。    图3-6 力场的选择：  力场是经典模拟计算的核心，因为它代表着结构中每种类型的原子与围绕着 它的原子是如何相互作用的。