浅谈表指称“的”字结构的表达功能.doc

浅析表指称“的”字结构的表达功能 1、相关定义 1.1、多功能淀粉酶的概念、共性及特性 依据淀粉酶的作用方式分类,人们发现有些淀粉酶的催化特性不只限于上述 一种作用方式,如 1992~1993 年 Takashi Kuriki 发现的新普鲁兰酶 (neopullulanase,EC 35) [16,17] ,不仅可以催化α-1,4 糖苷键的水解, 还可以参与转糖基作用形成α-1,6 糖苷键等,它可以以廉价的淀粉为原料,生 产具有重要生理功能的异麦芽糖低聚糖,在食品与医药工业中占有重要的地位。 目前称此类酶为多功能淀粉酶(multifunctional amylase,MFA)。 多功能淀粉酶是α-淀粉酶家族的一类新成员,包括新普鲁兰酶、麦芽糖淀 粉 酶 ( Maltogenic amylase , MAase , EC 33 ) 和 环 麦 芽 糊 精 酶 (cyclomaltodextrinase, CDase, EC 4),它们在结构上具有α-淀粉 酶家族共有的四个高度保守的区域,但在功能上又兼有糖苷水解酶和糖基转移酶 的催化活性,而不同的多功能淀粉酶虽然在结构上和功能上具有一定的相似性, 但不同来源的酶在底物特异性和水解、转糖基作用方面存在着差异。 迄今发现的多功能淀粉酶均属于中温酶或嗜热酶。研究较多的是新普鲁兰 酶、麦芽糖淀粉酶和环麦芽糖糊精酶,它们的性质也相近:分子量一般都在 60~ 70kD;最适催化 pH 一般为 6.0~7.0;最适温度为 40~60℃。但底物特性各不 相同,分别为普鲁兰、可溶性淀粉、环麦芽糊精 [18] 。 在结构上,一方面多功能淀粉酶具有传统α-淀粉酶家族的四个高度保守的 氨基酸序列(I~IV) [18] 、核心结构域((β/α)8折叠桶结构域)和相同的催化 位点(Asp Glu Asp);另一方面多功能淀粉酶成员之间具有较高的氨基酸序列 同源性(一级结构)和非常相似的空间折叠方式(三级结构),包括 N-、C- 和 (β/α)8折叠桶结构域。因此,多功能淀粉酶的”结构保守性”包括两层涵义: α-淀粉酶家族的保守性和多功能淀粉酶亚家族的保守性。 图 1.1 MFAs 和 TAA 的结构域,都有 4 个保守区,而 MFAs 有长的 N-结构域 [18] 4 然而,多功能淀粉酶也有其特性。在结构上,多功能淀粉酶与传统α-淀粉 酶家族成员相比在 N 端多了一段约由 130 个氨基酸残基构成的片段,其在空间结 构上形成了特有的 N-结构域 (图 1.1) [18,19] ,而且寡聚化的程度(四级结构)也 各不相同 [20] :麦芽糖淀粉酶的活性形式是单体和二聚体,新普鲁兰酶是二聚体, 而环麦芽糖糊精酶却可以十二聚体的形式起催化作用。而其特殊的结构决定了其 特定的功能,特殊的功能决定了其特殊的用途。 1.2、α-淀粉酶家族的概念 般性分类 α-淀粉酶及其相似酶,依其特点被归类为淀粉酶家族13,淀粉酶一般可水 解淀粉中的糖苷键。淀粉是一种非常普遍当作食物原料的多糖类,主要是由直 链及支链所组合而成的,直链部分以α-1,4糖苷键连接而成,而支链部分以α -1,6糖苷键连接而成。酶以水解或转苷方式专一的催化淀粉的糖苷键,其催化 方式可分为四种类型(1)水解α-1,4糖苷键,以α-淀粉酶(EC )为 代表;(2)水解α-1,6糖苷键,以普鲁兰酶(EC 1)或异淀粉酶(EC 8)为代表;(3)转糖苷作用生成α-1,4糖苷键,以CGTase(EC 9) 为代表;(4)转糖苷作用生成α-1,6糖苷键,以branching enzyme(EC 2.4. 1.18) 为代表。 淀粉酶家族的的四种反应类型已被清楚划分,而每一项反应皆是由以上四 2 种代表性的酶进行催化,然而,有研究发现了一些特例,如α-淀粉酶在进行主 要反应α-1,4 糖苷键的水解时也会进行微弱的α-1,4 转糖苷作用[2],CGTase 进行α-1,4 转糖苷作用的同时也会微弱水解α-1,4 糖苷键[3]。这使得转苷和 水解的作用的界限变得不再明显。此外,有一些α-淀粉酶除了会水解α-1,4 糖苷键之外也会水解α-1,6 糖苷键[4,5],一些来自嗜热菌的新普鲁兰不只会水 解α-1,4 糖苷键也会水解α-1,6-糖苷键[6,7,8]。因此,研究发现了一些存在 于α-1,4 糖苷键特异性α-淀粉酶与α-1,6 糖苷键特异性新普鲁兰酶/异淀粉 酶之间的分类界限之上的酶。因此,目前广泛认为:由于微弱副反应的存在, 淀粉酶反应类型特异性已不能成为对淀粉酶进行分类的唯一标准。 1.2 结构相似性 1.2.1 催化中心及底物结合区域的相似性 自 1980 年以来,不同来源的淀粉酶及相关性酶的的一级序列数据不断增 多。通过对这些快速增加的序列互相对比分析,Frie