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DGGE 微生物多样性分析方案-微基生物
微基生物——解码微生物的奥秘
微生物多样性分析方案
PCR-DGGE 技术
2015 年1 月版
微基生物科技(上海)有限公司 1 / 19
微基生物——解码微生物的奥秘
目 录
一、DGGE 的原理3
二、DGGE 的发展3
三、DGGE 的流程3
四、 DGGE 技术的应用4
五、DGGE 技术的优缺点4
六、 微基生物对DGGE 的技术的优化5
七、实验流程:5
1. 基因组DNA 抽提电泳检测图5
2. PCR 扩增电泳图5
3. DGGE 图谱7
4. DGGE 谱图分析8
4.1 条形图8
4.2 戴斯相似性系数9
4.3 生物群落多样性指数10
4.4 UPGAM 法进行样品间的聚类分析图10
4.5 微生物群落的多维定标分析11
4.6 主成分分析(PCA )11
4.7 冗余分析(RDA )12
5. DGGE 切割条带标注12
6. DGGE 回收条带的二次PCR 扩增13
6.1 二次扩增13
6.2 胶回收14
7. TA 克隆及转化14
8. 测序结果14
9. 测序结果的汇总14
9.1 Fasta 格式测序结果14
9.2 克隆子一致性分析(Alignment 比对)14
9.3 测序结果NCBI 的Blast 比对15
9.4 测序结果的系统发育树分析17
八、实验周期17
九、送样要求18
十、联系方式19
微基生物科技(上海)有限公司 2 / 19
微基生物——解码微生物的奥秘
DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis) 既变性梯度凝胶,是利用DNA 在不同浓度
的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化,从而将片段大小相同而碱基组成不
同的DNA 片段分开。DGGE 作为一种成熟的分子生物学技术被广泛应用于生物学、医学等
领域。
一、DGGE 的原理
普通的聚丙烯酰胺凝胶电泳只能通过片段大小不同在同一浓度的胶上电泳迁移率不同
而分离不同的 DNA 片段,
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