韩斌 植物基因组学.pdf

植物基因组学 Plant Genomics 韩斌 National Centre for Gene Research, SIBS, CAS 中科院国家基因研究中心 什么叫基因组学？ 植物基因组的研究内容？ 基因组学有哪些研究手段和方法？ • 基因组 （Genome：Gene＋chromosome ） 细胞或生物体中一套完整的单倍体遗传物质 • 基因组学 （Genomics ） Thomas Roderick，1986 基因组作图、测序和分析 目前分为结构基因组学和功能基因组学 • 植物基因组学研究内容包括结构基因组、功 能基因组以及基因组研究成果的应用 Ⅰ. 结构基因组学 遗传图(Genetic Mapping Genomes) : Based on the calculation of recombination frequency by linkage analysis 物理图的绘制(Physical Mapping Genomes): Based on molecular hybridization analysis, cloning and PCR techniques 基因组序列测定(Sequencing Genomes): Sequencing methods: the chain termination procedure Map-based clone by clone strategy Whole genome shotgun (WGS) strategy Sequence assembly 其目标是建立高密度的遗传图、高分辨率的物理图 和转录图，最终完成全基因组序列测定和注解 (Annotating a Genome Sequence) Gene prediction by software Gene identification Transcriptome Proteome Genomes, genes, transcriptomes, proteomes Disease gene QTL Genetic map RFLP STS SNP SSR Physical map Sequencing, sequence assembly Sequence contigs GATCGTCAGATCAGCAT CAGCATCAGCGACT CAGCATCATATCATCAGCAC GATCACGACGACTACTA CGACTACAG Gene prediction Gene structure 1 2 3 4 Contig assembly 1 2 3 1 2 4 Transcripts Clone Proteins Protein attributes : Molecular weight Cellular location