高等生物化学 第一章蛋白质的三维结构.pdfVIP

第一章 蛋白质的三维结构 蛋白质的结构 蛋白质的结构 • 一级结构：氨基酸的序列排布顺序； • 二级结构：多肽链本身的折叠方式； • 三级结构：螺旋肽链结构盘绕、折叠成 复杂的空间结构； • 四级结构：蛋白质亚基聚合成大分子蛋 白质的方式； 蛋白质的结构层次： 一级结构→二级结构→超二级结构→结构域 →三级结构→四级结构 第一章蛋白质的三维结构 主要内容 • 稳定蛋白质三维结构的作用力 • 多肽主链折叠的空间限制 • 蛋白质的二级结构 • 纤维状蛋白质 • 超二级结构和结构域 • 球状蛋白质与三级结构 • 蛋白质折叠与结构预测 • 亚基缔合与四级结构 第一节稳定蛋白质三维结构的作用力 1、维持三维结构的作用力 a 离子键 b 氢键 c 疏水相互作用 d 范德华力 e 二硫键 第一节稳定蛋白质三维结构的作用力 （一）氢键 • 氢键的贡献是协同蛋白质的折叠和帮助稳定球 蛋白的天然构象。 • 多肽链骨架的羰基和酰胺基之间，常常形成氢 键使肽链形成 α-螺旋和 β-折叠结构。 • 在多肽链骨架和水之间，多肽链骨架和极性侧 链之间，两个极性侧链之间以及极性侧链和水 之间也可以形成氢键。 • 大多数氢键都是N-H……O类型的。 第一节稳定蛋白质三维结构的作用力 • 在蛋白质分子中，由于存 在数目众多的氢键，故氢 键在稳定蛋白质的空间结 构上起着重要的作用。 • 但氢键的键能较低 (~12kJ/mol)，易被破坏。 第一节稳定蛋白质三维结构的作用力 （二）范德华力 • 广义范德华力包括定向效应、 诱导效应和分散效应等。 • 范德华力包括吸引力和斥力 两种相互作用，范德华力只 有当两个非键合原子之间处 于一定距离时才能达到最大。 • 虽然范德华力相对来说比较 弱，但由于范德华力相互作 用数量大，并且具有加和性， 因此范德华力是一种不可忽 视的作用力。 第一节稳定蛋白质三维结构的作用力 （三）疏水作用 • 蛋白质中的疏水基团彼此靠近、聚集以避开水 的现象称之疏水相互作用（hydrophobic interaction）。 • 因为水分子彼此之间的相互作用要比水与其它 非极性分子的作用更强烈，非极性侧链避开水 聚集被压迫到蛋白质分子内部，而大多数极性 侧链在蛋白质表面维持着与水的接触。 • 疏水相互作用在维持蛋白质构象中起着主要的 作用，也是使蛋白质多肽链进行折叠的主要驱 动力。 第一节稳定蛋白质三维结构的作用力 水分子中氧原子的4个 3 轨道是不等性sp 杂化 第一节稳定蛋白质三维结构的作用力 极性化合物在水中的溶解是熵增加的过程 第一节稳定蛋白质三维结构的作用力 水分子在非极性化合物周围 形成笼型结构，有序性增加， 熵减少。热力学不利！ 第一节稳定蛋白质三维结构的作用力 在疏水相互作用下，蛋白质疏水氨基酸折叠在蛋白质 内部，而亲水氨基酸残基暴露在外。 第一节稳定蛋白质三维结构的作用力 （四）离子键