基于芸香科的植物通用DNA条形码研究.pdf

中国科学: 生命科学 2010 年 第40 卷 第4 期: 342 ~ 358 SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS 论 文 基于芸香科的植物通用DNA 条形码研究 ①② ①* ② ① ① ① ③ ① 罗焜 , 陈士林 , 陈科力 , 宋经元 , 姚辉 , 马新业 , 朱英杰 , 庞晓慧 , 余华① ①④ ② , 李西文 , 刘震 ① 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所, 北京 100193; ② 湖北中医学院药学院, 武汉 430061; ③ 西南交通大学生命科学与工程学院, 成都 610031; ④ 清华大学化学系, 北京 100084 * 联系人, E-mail: slchen@ 收稿日期: 2009-12-12; 接受日期: 2010-01-15 国家国际科技合作项目(批准号: 2007DFA30990)和卫生部卫生行业科研专项基金(批准号: 200802043)资助项目 摘要 植物DNA 条形码研究是近 10 年来进展最迅速的学科之一, 其通用序列的筛选一直是 关键词 该领域研究的热点问题. 2009 年, 生命条形码联盟植物工作组推荐rbcL+matK 组成复合序列作 DNA 条形码 ITS2 为植物通用条形码, 但其研究对象中近缘属、种较少, 且物种水平鉴定成功率仅为72%, 所以仍 芸香科 在进行验证和新序列的研究工作. 本研究选取nrDNA ITS2 序列, 利用其具有Ⅱ级结构的特性、 鉴定 通过不同物种类型模型判定全长, 将其和目前热点候选序列(matK, rbcL, psbA-trnH , rpoC1, ycf5 ) 及nrDNA ITS 序列针对芸香科72 属192 种300 个样本进行比较, 试图在同一科属下更多近缘种 存在时, 真实判定候选序列的鉴定能力. 结果表明, 自行设计引物的ITS2 序列具有较好的PCR 扩增和测序成功率, 在所考察的候选序列中具有最大的种间变异和较小的种内变异, 且两者存 在极显著差异, 同时物种鉴定成功率最高, 各评价指标均优于其他候选序列. 证实 ITS2 序列在 单一科属内的“高效性”, 故推荐其作为植物DNA 条形码通用序列之一. DNA 条形码(DNA barcoding) 由加拿大动物学家 门以外的物种. 随后的研究中[5~7], CO1 基因被公认 Hebert 等人[1]首次提出, 即通过使用一段标准 DNA 为动物界中标准的DNA 条形码基因. 植物由于在进 片段, 对物种进行快速、准确地鉴定, 是近年来发展 化历程中容易发生杂交、网状进化等事件, 而且同一 最迅速的学科之一. Gregory[2]认为, DNA 条形码的研 基因在不同类群的进化速率可能不同, 导致植物条 究将会是全球性的“大科学计划”. Miller[3] 以“DNA 条 形码的研究比动物要复杂得多[8,9]. 近几年提出了一 形码与分类学的文艺复兴”为题发表文章, 认为DNA 些植物DNA 条形码候选序列及其组合[10~12], 但尚未 条形码技术将对分类学产生革命性的影响. 2003 年, 达成一致意见