系统进化树及构建方法与软件应用.pptVIP

实例讲解 文件下载完之后，下载的Fasta 文件直接用 ClustalX 2.0.12打开 实例讲解 在进行多序列比对之前我们需要对软件进行一些设置 1.选择Alignment标签 2.选择Output format options 请将Clustalw sequences numbers选项设置为 On 之后点击 Ok ，在返回主界面之后请点击Alignment 标签选择 Do Complete Alignment选项 选择保存路径之后点击ok，剩下的时间可以去喝点咖啡休息一下。 实例讲解 从图中我们可以发现起始序列最短的是从位置22开始的，而尾端序列最短的是在位置1738，通过设置我们可以保存这样一批已经经过掐头去尾后的序列,保存格式为：文件名.aln。当然我们也可以直接保存为Fasta format, 如果选择前者我们需要用BioEdit转换格式，如果是后者我们可以直接进入建树阶段。 点击主界面中的 File标签选择 Save as选项，并按照例子设置参数 实例讲解 经过ClustalX2掐头去尾后的序列可以用BioEdit软件打开，选择File?Save as?保存类型为:文件名.fasta. 当我们查询结果的时候可以发现这和用ClustalX2保存的fasta文件是一致的。 实例讲解 下一步我们将介绍如何用MEGA构建我们