鹿蹄橐及吾间断分布(系统发育地理学案例).pptx

“鹿蹄橐吾系统发育模式和间断分布的研究”文献报告;1.全株；2.叶子 ；3.花序;研究背景 研究内容 实验材料 实验方法 实验结果 讨论 ;研究背景 ;长距离扩散（ long-distance dispersal ）：通过长距离扩散到适宜的生境而导致的间断分布。 地理分隔（ vicariance ）：曾经广泛分布的物种，由于气候地质等环境因素的变化而导致其分布范围大幅度收缩，并在分布区内产生了地理分隔，从而形成了物种的间断分布。;研究内容;实验材料;实验方法;1.总DNA提取，PCR扩增，测序;2.3针对数据总体及两居群数据，及日本两岛屿的cpDNA片段序列，应用软件DnaSP 4.0统计出单倍型多样性（Haplotype diversity (Hd ) ）和核苷酸多样性（ nucleotide (π) diversity） 针对数据总体及两居群数据应用程序PERMUT1.0计算得居群内平均遗传多样性（HS），总遗传多样性（HT），居群间遗传分化系数GST NST。 ;2.4应用Arlequin 3.0.1软件包中分子变异分析（AMOVA）检测该研究物种在不同分区和整个分区内的居群间和居群内变异水平，以及单倍型分布的FST评价，进一步揭示居群内的分化程度. ;2.5同时用贝叶斯法和最大简约法构建叶绿体单倍型间的系统发育关系。;最大简约法;Tracer1.5 LogCombiner1.6.1 TreeAnnotator 1.6.1 FigTree 1.3.1;2.5判断整个分布区及不同分布区间是否发生过种群扩张。 应用Arlequin 3.0.1软件对cpDNA序列进行失配分析，根据歧点分布绘制了失配分布曲线。分别计算了歧点观测值与期望值的方差SSD，糙度指数r值，以及它们的显著性。 失配曲线为单峰，SSD值与r值具不显著，种群发生过扩张；失配曲线为双峰或多峰，SSD值与r值具显著意义，种群处于动态平衡状态。;并应用Arlequin 3.0.1进行Fu‘sFs检验 Fs值。 应用DnaSP4.0进行中性检验，包括Tajima’sD(Tajima, 1989), Fu and Li’s D* (Fu Li, 1993), Fu andLi’sF* tests参数，推断基因进化是否为中性突变，也可用来检测种群的动态过程。 FS值为负且显著， Fu andLi’sF* tests参数为负值，说明种群发生过近期扩张。 ;2.6 RASP2.0软件包中Statistical dispersal–vicariance analysis (S-DIVA)和Bayesian binary MCMC (BBM) analysis分析间断分布原因是长距离扩散还是地理分隔;;;29个居群叶绿体单倍型总遗传多样性HT=0.913，远大于居群内的平均多样性HS=0.061;分为中国日本两组时，居群变异占了70.15%（FSC=0.979，P0.0001）居群内变异只有1.48%，组间变异占28%， 当对各个分区计算结果进行比较，中国组居群内变异低于日本 （0.35%4.98%）前者遗传分化大于后者（FST=0.997 0.95 P0.0001）;日本居群单倍型形成一个单系分支，中国居群单倍型与日本居群单倍型形成了并系关系 日本分支内，本州岛居群单倍型与北海道相互交错分布，成为并系;失配曲线为多峰曲线;全部居群及中国居群的SSD和糙度指数r值均具显著意义，违背种群扩张模型假设。日本分区内SSD糙度指数r值均无显著意义。 Fu andLi’sF* tests参数都为正值，失配曲线多峰，说明该地区种群处于稳定状态。都未发生近期扩张，处于动态平衡状态。;;; 1.物种水平具总高遗传多样性，居群内遗传多样性却很低，导致居群间强烈遗传分化。 2.区域特有单倍型有助于发现冰期避难所的位置，推测四川盆地北部（夹金山），西部（峨眉山），南部（云贵高原），东部（巫山-武陵山）北部（秦岭）分别是鹿蹄橐吾独立避难所。 即在冰期时，最后一次大冰期，生境片断化后形成了彼此隔离的生境所保留的祖先而分别衍生出这些区域的现代种群。 冰期间冰期的反复波动，经历严重的瓶颈效应，种群大小不断波动，由于奠基者效应形成了较小的建群种或种群增长及其缓慢而使避难所种群内部遗传多样性丧失。大部分居群只有一种单倍型。 ; 3.日本居群单倍型形成一个单系分支，但中国居群单倍型与日本分支形成了并系关系。可能由于，两地区隔离的时间并不足够长，导致不完全的谱系分选所致。 4.中国四川西北部及湖北等鹿蹄橐吾地颜色更深，中国境内生境温度比日本高，化学成分明显不同，已经产生一定遗传分化。 ;谢谢！