植物miRNA预测的初步研究.pdfVIP

摘 要 植物 miRNA 预测的初步研究 最早的microRNA（miRNA）基因发现于1993年。在经历了近十年的默默无闻之后， 它被视为一类新的调控型 RNA 的创始成员。microRNA 基因表达大约 22 个核苷酸 RNA， 可以调控含有反义互补序列的蛋白编码基因表达。microRNA参与生命过程中一系列的重 要进程，包括早期发育，细胞增殖，脂肪代谢和细胞凋亡。人们对于miRNA调控基因表 达的极大的兴趣推动了研究这些小 RNA 表达和运作的方法。动植物 microRNA 均由具有 发夹结构的约70-90个核苷酸大小的单链RNA前体经Dicer酶加工后生成。相比于动物 microRNA，植物microRNA的主要作为小干扰RNAs（siRNAs）引导破坏其mRNA靶标。 寻找植物 miRNA 的研究和动物 miRNA 的相比，植物 miRNA 的作用方式决定了其与目 标 mRNA 结合的程度——完全结合。虽然两者在特征提取方法上有着一定程度上的共同 点，但植物miRNA在特征上的一些特点将两类miRNA预测分离开来。植物 miRNA特征不 如动物的那样复杂。对其进行预测，则需要借助具有更高精度的算法或者更为合适的模 型来进行预测指导。植物miRNA的特征提取方法的核心影响因素，主要落在以下几个方 面：（1）植物成熟miRNA的保守性；（2）可结合性位点；（3）植物miRNA前体的二级结 构稳定性；（4）植物miRNA前体最小自由能的概率分布；（5）植物miRNA前体位点切除 长度。针对上述特征提取方法，研究人员开发了一系列的植物miRNA预测工具。而这些 预测工具通常是基于 Smith-Waterman 算法所搭建起来的，如 PatScan、miRU、 psRNATarget等。如果某些基因转录后得到的mRNA能够表达出毒蛋白，使得宿主（植物 或者动物）获病，而它们可能也在不同程度的受到某些这种内源产生的小 RNA的靶向作 用,也就是说 miRNA 带来的收益将是可观的。对植物中的农作物而言，最明显的益处则 是增产、抗倒伏、抗虫害等等。为了向相关科研工作人员提供便捷，本文对植物 miRNA 的寻找所对应的特征提取方法和相关软件进行了综述。根据对各个软件的学习，对植物 miRNA预测有了很多认识，本文实现了3个碱基配对的特征， 并能够对植物miRNA进行 预测。 关键词： 植物 microRNA ，基因表达，特征提取，microRNA 预测 I Abstract Plant MicroRNA Gene Prediction Preliminary Study The microRNA (miRNA) gene was first discovered in 1993. After being obscurity for almost a decade, this gene is recognized as the founding member of a new class of regulatory RNAs now. The microRNA genes express ~22 nucleotide (nt) RNAs which can regulate the expression of protein-coding genes with sequences of antisense complementarity. The microRNA has p