outdockvina分子对接操作手册.pptx

虚拟筛选实例分析;;虚拟筛选;虚拟筛选基本方法;5;6;分子对接的基本方法;;虚拟筛选流程;化合物数据库;PubChem()是由美国国家卫生研究所（NIH）建立的关于小分子生物活性的公共数据库. ;PubChem 检索可得到的结果包含了分子式、SMILES、2D 和3D 结构、InChI 和InChIKey、相对分子质量、脂水分配系数、氢键受体和供体数目、可旋转键数目、互变异构体数目等基本的结构信息和物化性质，除此以外，还有该化合物作为药物的剂型和商品信息、药理性质、毒性、生物活性检测等信息，并通过文献分类副标题可以查看相关文献。;DrugBank;药物信息包括了该药物的CAS 号、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D 和3D 结构、logP、logS、pKa、熔点、吸收性、Caco-2 细胞穿透性、药物类别和临床使用、性质描述、剂型与给药途径、半衰期、体内的生物转化、毒性、作用于哪些生物体、食物对服用的影响、与其它药物的相互作用、作用机理、代谢途径、药理学特征、与蛋白质的结合情况、溶解度、物质形态、同义词、关于合成的相关文献等，还与ChEBI、GenBank、PubChem 等外部数据库有链接。;ZINC;eMolecules;17;化合物类药性相关参数范围;小分子结构信息;一维形式 SMILES格式;原子：方括号内的化学元素符号表示。 例如[Au]表示“金”。有机物中的C、N、O、P、S、Br、Cl、I等原子可以省略方括号，其他元素必须包括在方括号之内。 氢原子常被省略。 对于省略了方括号的原子，用氢原子补足价数。例如，水的SMILES就是O，乙醇是CCO。 离子用方括号括起，用元素符号和电荷表示，"+"表示正电荷、"-"表示负电荷，电荷数跟在正负号之后。如果该原子与氢原子相连，氢原子写在元素符号后面。 例如，四价钛离子 (Ti4+) 写作?[Ti+4]?或?[Ti++++]?。三价钴离子(Co3+) 写作?[Co+3]?或?[Co+++]?。 氢氧根?(OH-) 表示为?[OH-]?，水合氢离子?(H3O+) 表示为?[OH3+]?。 ;化学键：双键用“=”表示；三键用“#”表示。 例如，含有双键的二氧化碳则表示为O=C=O，含有三键的氰化氢表示为C#N。 环：如果结构中有环，则要打开。断开处的两个原子用同一个数字标记，表示原子间有键相连。 例如，环己烷（C6H12）表??为C1CCCCC1。 芳环中的C、O、S、N原子分别用用小写字母c,o,s,n表示。 如苯表示为?c1ccccc1。 支链：碳链上的分支用圆括号表示。 例如丙酸表示为CCC(=O)O，FC(F)F或者C(F)(F)F表示三氟甲烷。 ;立体化学： 用/ 和\表示双键顺反异构； 对映异构：手性原子用[ ]表示，@表示反时针，@@表示顺时针: 化合物 SMILES 反式二溴甲烷 Br/C=C/Br 或Br\C=C\Br 顺式二溴甲烷 Br\C=C/Br 或Br/C=C\Br L-丙氨酸 N[C@@H](C)C(=O)O D-丙氨酸 N[C@H](C)C(=O)O;二维形式;三维形式;分子存储格式及其相互转换;不同的化学文件格式用来表示不同的化合物结构信息，不同的应用软件需要不同格式的化学格式，因此需要对化合物格式进行进一步转换才能进行后续的工作。;;29;30;31;药物作用靶标确定;蛋白质靶标;pdbqt格式的protein文件准备： File->read molecule Edit->Hydrogensàadd: polar only ok 1．Add Hydrogen: Edit->Hydrogens->Add: non-protein need add “all hydrogens”. Protein need add “Polar only”. 2．Delete atoms or molecule: Select->Select From String:?? ?????? Then click “Add”, then click “Dismiss”. Then: Edit->Delete->Delete AtomSet->…->Continue ? To display the molecule surface with selection ? Grid->macromolecule->chose->Select Molecule->…->save *.pd