冠丙四肽与卤离子结合行为的理论研究 theoretical study on the combination of halogen ion with crown tetraalanylpeptide.pdfVIP

第27卷第7期 计算机与_应用化学 V01．27，No．7 2010年7月28日 and Chemistry ComputersApplied July,2010 冠丙四肽与卤离子结合行为的理论研究 宋宏涛，刘国平，张华明，罗顺忠 (中国工程物理研究院，919信箱230分箱，四川，绵阳，621900) 摘要：用密度泛函理论B3LYP方法。以环丙网肽的冠型构象(冠丙四肽)为模型基础．对氟、氯、溴等卤离子与其结合形式进 行了几何构型优化、能鼍计算、Mulliken布局数分析等理论研究。结果表明冠丙四肽的构型在与卤离子结合前后几乎没有改变， 结合过程中电子由卤离子移向冠肽，氟离子与冠型环丙四肽的结合作用明显优于氯离子和溴离子，卤离子的最佳结合位均略微 偏离于模型中心轴线，此时氟、氯、溴离子距冠丙四肽中心的距离依次为0．084nm、0．210nm和0．200nm。 关键词：密度泛函理论；结合；卤离子：冠丙四肽 中图分类号：Q52 文献标识码：A 文章编号：1001-4160(2010)07．906-910 框架下，通过理论计算冠丙四肽(Crown 1 引言 tetraalanylpeptide， 环肽是一类自然界广泛存在的生物环状化合物，一 体)的几何构型、能量、MuUiken布局数等，研究卤离子 般可以分为2类：(1)全部由氨基酸经肽键成环的均环肽 与冠丙四肽相互作用中的结合情况，着重探讨卤离子的 (Homodetic cyclopeptide)；(2)主链为肽键，而以酯键、 体稳定性、结合位、结合能、电荷布局以及可能键合情 醚键、二硫键、硫醚键等成环的以及含有非氨基酸结构 况。由于I。与一NH．之间的氢键作用力已经很弱，两者之间 or 的假肽(depsipeptidepeptolide)，即杂环肽(heterodetic 几乎没有相互作用，故不研究。 eyclopeptide)ll圳。环肽同冠醚、环糊精、杯芳烃等大环 化合物13-41的结构类似，易于形成氢键网格，此外还有内2计算模型和方法 在构象约束，比线型肽较稳定[S-6l，抗酶解能力较强，在 超分子化学以及识别小分子／离子、生物有机化学等方面 水平上，优化环丙四肽的构型，得其冠型构象(即冠丙 是很好的主体分子【7。引。不管环肽是作为新的复杂多肽化 合物或者环状化合物，都是极为重要的，其特殊的结构 四肽)(见图1)。 以及对酶降解的稳定性，都使它的用途出人意料，特别 是一些用特殊方法而获得某种指定结构的环肽时，人们 发现它们居然在药物、纳米材料、生物离子通道及超分 子自组装等领域用途更广【弘12】。在环肽的骨架中引入构象 限制性单元，如甘氨酸残摹使其结构改性成(类)环肽， 在模拟离子跨膜传输、蛋白质二级结构、功能自组装方 面已显出优良的特性‘13。14】。有人[15-171在环肽骨架中引入 二茂铁、杯芳烃、二联苯、脂肪链以及芳环单元，合成 出几个系列的类环肽，并研究了这些化合物在阴离子识 别、不对称识别以及功能自组装方面的性质，结果较好。 冠肽(Crown peptide)是环肽的特殊构型，其中含 酰胺键的主链规则排列，形成类似冠醚的冠型构象u引。 环肽的冠型构象拥有多重c。旋转轴，具有高度的对称性， 更易于形成与离子／分子结合的孔径或通道，有双性识别 作用【】9J