基于免疫共沉淀中非特异性的试验设计考虑类型I.PPT

Protein-protein Interaction 蛋白质-蛋白质相互作用 Physiological functions of protein interactions Localization 蛋白质的亚细胞定位 Physiological functions of protein interactionsLocalization and Trafficking Protein-protein interaction can be used to build complex biological systems. 蛋白质-蛋白质相互作用是功能复合物形成的基础。 （如线粒体内膜呼吸链） Physiological functions of protein interactionsLocalization and Trafficking Aberrant interactions can contribute to pathogenesis; 错误的相互作用可能导致病理形象的出现。 如 Alzheimer’s disease, beta-淀粉样结构的堆积； Inducible protein interaction  posttranslational modifications可诱导的蛋白相互作用与翻译后修饰 Dynamic behavior of cells in response to changing conditions is highly dependent on posttranslational modifications; 细胞面对不断改变的环境表现出来的动态行为有赖于蛋白质的翻译后修饰以及它带来的蛋白质相互作用的变化。 Techniques and computation Techniques：Principle, Process, Advantage and DisadvantageGST-Pull down Techniques： 免疫沉淀 质量作用定律决定IP的成功度 Techniques： 免疫沉淀（非变性） Co-Immunoprecipitation /共免疫沉淀 Techniques： 免疫沉淀（非变性） Techniques： 免疫沉淀（非变性） Techniques： 免疫沉淀（非变性） Techniques： 免疫共沉淀（非变性） Techniques： 免疫共沉淀（非变性） Techniques： 免疫共沉淀（非变性） Techniques： 免疫共沉淀 Techniques： 免疫共沉淀： 基于免疫共沉淀中非特异性的实验设计考虑（类型 I） Techniques： 免疫共沉淀： 基于免疫共沉淀中非特异性的实验设计考虑（类型I） 研究方案:Affinity purification MS 研究方案:Co-immunoprecipitation MS MS after affinity purification鉴定结果中通常包含很多非特异的蛋白质信息 核糖体蛋白 代谢酶类 热休克蛋白 泛肽酶 高丰度的细胞骨架蛋白 血清蛋白（如果使用是IP亲和的方式） 质谱鉴定数据的分类（Example） F-actin affinity purification MS 鉴定小脑发育相关的F-actin binding protein; Step: (1) F-actin 亲和纯化； (2) MS 数据搜索和初步分析； (3) 按鉴定到的蛋白质与F-actin结合的属性分类; (4) 按MS鉴定到的蛋白质的生物学功能分类； (5) 生物学功能相同或相近的蛋白质聚类, 分析复合物组成； (6) 根据这些蛋白质在小脑不同发育时期的表达模式聚类； (7) 由此将与小脑发育相关的F-actin 结合蛋白与小脑特定发育 时期的功能相联系。 部分鉴定到的F-actin 结合蛋白的功能归属 蛋白质功能研究的策略 利用亚细胞定位及蛋白质相互作用等信息进行蛋白质功能归属 B A x Y 细胞裂解 蛋白质X的抗体 进行免疫沉淀 X Y Techniques： 免疫共沉淀： 基于免疫共沉淀中非特异性的实验设计考虑（类型 II） 带Tag的目标蛋白与固相基质偶联 目标蛋白带上Tag 目标蛋白相互作用蛋白的亲和纯化 目标蛋白复合物的SDS分离 蛋白质条带的切割和酶解