基因组作图与基因定位.ppt

基因组作图 genome mapping ;;;基本要求;The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1933;The Nobel Prize in Chemistry 1962;The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1978;The Nobel Prize in Chemistry 1958/1980;The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1993;The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2009;染色体带型与序列的差距：23条染色体---31亿碱基对;基因组作图的概念;遗传图;1、遗传图(genetic mapping)概念 通过遗传重组所得到的基因在具体染色体上线性排列图称为遗传连锁图，简称遗传图。 计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定他们的相对距离，一般用厘摩(cM，即减数分裂的重组频率为1%)来表示。 ;结构基因和DNA多态性标记可以满足要求： 限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)。 简单序列长度多态性（simple sequence length polymorphism, SSLP) :小卫星DNA、微卫星DNA。 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)：人类基因组中至少有400万个SNP，其中只有10万个可以形成RFLP 。 总之：它们是可以识别的结构。;3、遗传作图的基础;4、遗传作图的方法;家系连锁分析（PCR-电泳）;5、遗传图谱的用途;人类1号染色体连锁图 ;;物理图与遗传图 比较：基因间关 系更准确 （啤酒酵母3号 染色体）。;;有什么方法知道酶切片段之间的关系呢？答案是：重叠片段。 重叠群：相互间存在重叠序列的一组克隆，可根据重叠顺序的相对位置将各个克隆首尾连接，构成连续顺序图。 以连续的重叠群为基本框架，通过遗传标记将重叠群排列于染色体上。 ;通过获得重叠群，构建图谱。 DNA分子被两种识别不同靶序列的限制性酶切和控制条件的部分酶切片段。;;;　①完全降解：获得完全酶切片段的数目和大小的图谱。 　②部分降解：避免所有切口断裂的完全降解发生。部分酶解产物同样进行电泳分离及自显影。 ③比较上述二步的自显影图谱,根据片段大小及彼此间的差异即可排出酶切片段在DNA链上的位置。;染色体→酵母人工染色体（YAC）重叠群→单个YAC克隆→ cosmid人工染色体重叠群→单个cosmid克隆→质粒亚克隆→随机测序 →计算机分析串连得大片段。;YAC载体是利用酿酒酵母的染色体的复制元件构建的载体。 YAC载体必须含有以下元件：①端粒重复序列 ②着丝粒 ③自主复制序列 ;①cosmid 是英文 cos site-carrying plasmid 的缩写, 也称粘粒、柯斯载体。是人工建造的含有λ噬菌体DNA的cos序列和质粒复制子的特殊类型的质粒载体。 ② 带有质粒的复制起点、克隆位点、选择性标记以及λ噬菌体用于包装的cos末端等。 ③可利用噬菌体体外包装的特性，利用噬菌体感染的方式将重组DNA导入受体细胞。但它不会产生子代噬菌体，而是以质粒DNA的形式存在于细胞内。 ;;①遗传标记细分基因组：使每隔100kb就有一个标记。 ②低精度物理作图：构建覆盖每条染色体的大片段，构建数百kb的YAC，得到重叠的YAC连续克隆系。 ③高精度物理作图：将YAC随机切割后装入cosmid粘粒，在几十个kb的DNA片段水平上作图。;将一组不同颜色的荧光标记探针与单个变性的染色体杂交，分辨出每种杂交信号，从而测定出各探针序列的相对位置。 探针间位置关系提供了DNA序列与基因组图谱间的联系。 ; ;STS 来源于基因的编码序列， 是染色体上位置已定的、核苷酸序列已知的、且在基因组中只有一份拷贝的DNA短片断位点，片段长200－500bp。 基本特征：唯一性。 ;①酶切和部分酶切的制作重叠DNA片段。 ②分析两个STS位点共存于一个片段的概率（位置越近，共存机会越大），计算STS位点的距离，绘制图谱。 ;;; ①基因组物理图谱是DNA顺序测定的基础, 它是测序工作的第一步。 ②为基因的定位、克隆与基因之间的相互关系分析提供了有效的途径。;两种不同的战略: 全基因组随机测序战略（美国Celera公司）。 以物理图为基础的以大片断克隆为单位的定向测序战略（公共领域测序计划） 。 两者的最大区别在于是否依赖基因组作图。 ;随