水稻SBP基因家族生物信息学分析.doc

水稻SBP 基因家族生物信息学分析 摘要：SBP (squamosa promoter binding protein, SBP)基因家族是植物所特有的一类重要转录因子，广泛参与植物生长、发育以及多种生理生化反应的信号传导。水稻是目前为止基因组测序相当完整的一类植物，而且水稻也是现在人类生存赖以依存的粮食，因此水稻早已成为分子生物学研究的重点对象，进行水稻基因组信息挖掘与分析对于水稻功能基因组学的发展具有重要意义。本实验以植物（水稻）特异转录因子SBP基因家族为实例，讲述如何利用生物信息数据库资源和软件工具，对该基因家族进行分析。本章所用数据主要来自北京大学生物信息中心（/chinese/）构建的植物转录因子数据库，研究对象主要为水稻基因组中 29个SBP转录因子基因。所用生物信息学工具包括基因结构显示、双序列比对、蛋白质功能域识别、蛋白质保守域预测、序列图标构建、多序列比对、系统发育树构建、，以及蛋白质二级、三维结构空间图形显示等。本实验结果均为水稻SBP 基因家族的进一步功能分析提供了重要研究基础。 关键词：水稻、SBP家族、生物信息学 引言：我们知道，转录前调控、转录调控和转录后调控是真核生物基因表达调控的重要组成部分，其中转录调控通过顺式作用元件和反式作用因子相互作用实现。顺式作用元件（cis-element）泛指 DNA序列一个片段，通常位于被调控基因的上游，主要包括启动子（promoter）、增强子（enhancer）和抑制子（suppressor）三类。反式作用因子泛指与顺式作用元件直接或间接结合 并参与靶基因转录过程的调控因子，通称转录因子（transcription factor）。转录因子可以分为两大类，即通用转录因子（general transcription factor）和特异转录因子（specific transcription factor）。通用转录因子与靶基因上游约 10-35 位的 TATA 框（TATA-box）或启动子区域转录起始位点（transcription start site）DNA序列结合，并与 II型 RNA聚合酶一起，形成转录起始复合物。特异转录因子种类繁多、功能复杂，它们与靶基因上游各种特定 DNA序列片段结合，激活或抑制靶基因转录活性，以调控靶基因在不同组织、不同细胞、不同环境条件下特异表达。如无特别说明，通常所说的转录因子即指特异转录因子。 一、 结果与分析 1.水稻SBP的挖掘 先到Pfam 数据库中去搜索SBP 结构域(domain), 其标识号应该是xxx（PF03110）, 获取它的HMM序列文件。从 TIGR 水稻数据库(, The TIGR Rice Database release 6.0）下载水稻基因组12条染色体的蛋白质序列。然后利用基于隐马尔科夫模型的 HMMER 程序(版本3.0)来搜索, E =10-10的序列被认为是水稻中的含有 SBP 结构域的候选序列（共31条）。再利用 SMART在线工具分析结构域, 把没有显示SBP 结构域蛋白除掉（3条）, 最后得到水稻的SPB基因基因家族成员。 2.基因结构分析 将从 TAIR获得的水稻SPB家族基因的 CDS序列和对应的全基因组序列, 利用 Gene Structure Display Server(/)绘出基因结构图 表1 20条基因结构图 3. 蛋白质分析 1）利用序列保守结构域识别系统网站（Multiple EM for Motif Elicitation, MEME, /），对上述拟南芥 SBP 转录因子保守结构域进行识别。首先，将 29 个 SBP转录因子同时提交，结果表明，它们都具有长度为 79 个残基的 SBP 结构域，共有3个motify 表2 29个SBP转录因子的3个motify的标识序列 表3 3个motify在SBP蛋白质序列的位置 2）二级结构分析 二级结构是指不同氨基酸间C=O 和N-H 基团间的氢键形成的稳定结构，主要为α- 螺旋和β- 折叠。利用SOPMA 程序(http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa.sopma.html)对水稻29 条SBP家族蛋白质序列二级结构进行预测，结果发现有21条蛋白质序列的二级结构不同，所有的氨基酸序列都以随机卷曲为主要组成部分，其次就是α-螺旋。 α-螺旋 延伸链 β-折叠 无规卷曲 LOC_Os01g18850 37.24% 13.57% 3.83% 45.36% LOC_Os01g69830 20.15% 19.17% 8.25% 52.43% LOC_Os02g08070.1 31.44% 15.72% 9.17%