3拷贝数变的化数据分析.docVIP

Copy Number Data Analysis 什么是基因拷贝数 基因拷贝数是指某一种基因或某一段特定的DNA序列在单倍体基因组中出现的数目。 基因拷贝数变异（CNV）是指较之于参照基因组,DNA片段缺失或复制大于1kb至Mb的结构变异将消减杂交、荧光原位杂交相结合，用于检测DNA序列的变化(缺失、扩增、复制)，并将其定位在染色体上的方法基本原理用不同的荧光染料分别标记正常人基因组DNA与肿瘤细胞DNA，然后与正常人中期染色体杂交，通过检测染色体上两种荧光（红、绿）的相对强度比率，两组DNA相异部分会显出颜色偏移，可计算出DNA的缺失与放大，从而了解肿瘤组织DNA拷贝数的改变，并能同时在染色体上定位。CGH 只能检测不平衡的染色体改变。结构染色体变异，例如：平衡的相互易位或倒位不能被检测出来，因为拷贝数没有变化。arrayCGH的特点基因芯片又称DNA探针微阵列（microarray），它通过在一微小的基片表面固定大量的基因探针，待检测样品标记后与已固定的核苷酸序列进行杂交，根据检测信号的有无和强弱，确定样品中该基因或核苷酸序列的含量。ArrayCGH实际上就是用微阵列取代传统CGH的中期分裂相，使荧光标记的测试DNA探针和参照DNA探针竞争性地与微阵列上的短片段靶序列杂交。根据被检组织基因组的大小和实验要求，微阵列上的核苷酸靶序列可来源于不同的基因组文库，如YAC（0.2-2Mb）,BAC(300kb左右)，P1(~70-100kb), PAC(~130-150kb)和cosmid(~30-45kb)等文库。与传统的CGH相比，arrayCGH技术在以下两方面具有明显的优势：（1）灵敏度和精确性：由于染色体上的DNA是以高度密集和超螺旋的形式存在着，因此传统CGH只有在DNA序列缺失达10－20Mb（细胞株）或20－30Mb（原发肿瘤）以上或序列扩增时扩增子与扩增拷贝数之积至少2Mb才能被检测出来。故传统CGH所提供的信息中必然包含为数众多的基因，需要作进一步的精确定位。arrayCGH避开了复杂的染色体结构，所杂交的靶序列仅为包含了少数基因的一段段短DNA片段，所以能找出传统CGH检测不出的DNA序列拷贝数的差异，并同时将扩增或缺失的范围精确地定位在某个或某几个已知基因或EST上。（2）自动化、程序化：染色体带型的复杂性和个体差异决定了核型分析不可能全部实现机械化，必需依靠经验丰富的细胞遗传学家对核型分析软件得出的结果进行校正后才能进一步分析基因组的不平衡性。因此传统的CGH技术受人为因素的限制，需要一定的经验技术和劳动力支持。ArrayCGH技术中不需要染色体核型的制备和分析，与普通的基因芯片检测表达谱的过程一样，其结果完全可以由机器和计算机自动操纵控制，既快速又直观。 Array-based CGH平台： BAC array in-situ synthesized Oligo arrays (NimbleGene, 4.2M probes) Printed long Oligo arrays (Agilent CGH arrays, 1M probes) SNP arrays ( Affymetrix 6.0 and Illumina bead arrays) 5)靶向性或全基因组测序 优点：可以检测到核苷酸水平。缺点：成本太高。 以上方法中，Array-based CGH 是最普遍的方法。 预测拷贝数变化的方法： Segmentation（分割？）：对信号峰进行一些处理，优化信号 CN Estimation（拷贝数估计）: Hidden Markov Model (HMM 隐马尔科夫模型)，不能用于癌症研究 用单核苷酸多态性微矩阵分析基因拷贝数和杂合性缺失 LOH（杂合性缺失：实际就是杂合子，一对染色体上某一个染色体上基因缺失，与之配对的染色体上仍然存在。Affymetrix Chips () Illumina Chips () CNAT(); dChip (): copy number and LOH for SNP array CNAG (www.genome.umin.jp) Plink: CNV association analysis GenePattern /cancer/software/genepattern/ BioConductor R Packages () GLAD package, adaptive weights smoothing (AWS) method DNAcopy package, circular binary segmentation method 4.在线数据库 Database of Genomic Variants：人类基因组结构变异