柿属植物叶绿体蛋白质编码基因密码子用法-经济林研究-中南林业.pdfVIP

第35 卷 第2 期 经济林研究 Vol. 35 No.2 2017 年6 月 Nonwood Forest Research Jun. 2017 Doi:10.14067/ki.1003-8981.2017.02.006 http: // 柿属植物叶绿体蛋白质编码基因密码子用法 1-3 2，3 2，3 1 傅建敏 ，索玉静 ，刘慧敏 ，谭晓风 （1. 中南林业科技大学 经济林育种与栽培国家林业局重点实验室，湖南 长沙 410004 ；2. 国家林业局 泡桐研 究开发中心，河南 郑州 450003 ；3. 中国林业科学研究院 经济林研究开发中心，河南 郑州 450003 ） 摘 要：为给后续柿属植物叶绿体基因工程研究提供基础，利用CodonW、CUSP、SPSS 软件对5 个柿属植物叶 绿体基因组中的55 条蛋白质编码基因序列进行密码子使用模式分析。结果显示，柿属植物叶绿体基因组密码子 第3 位碱基GC 含量为26.9% ～27.8% ，有效密码子数在49.58 ～50.18 之间，密码子偏好性较弱；柿叶绿体基 因组不同位置的有效密码子数不同，取值范围为32.36 ～59.64；中性绘图分析和ENC-plot 绘图分析结果表明， 柿叶绿体基因组的密码子偏好性主要受选择的影响；通过高频密码子和高表达优越密码子分析相结合的方法， 筛选出23 个柿属植物最优密码子，且这些密码子主要以A 和U 碱基结尾。 关键词：柿属植物；叶绿体；密码子偏好性；最优密码子 中图分类号：S665.2 文献标志码：A 文章编号：1003—8981(2017)02—0038—07 Analysis on codon usage in the chloroplast protein-coding genes of Diospyros spp. FU Jianmin1-3, SUO Yujing2,3, LIU Huimin2,3, TAN Xiaofeng1 (1. Key laboratory of Non-Wood Forest Product of State Forestry Administration, Central South University of Forestry Technology, Changsha 410004, Hunan, China; 2. China Paulownia Research Center , State Forestry Administration, Zhengzhou 450003, Henan, China; 3. Non-timber Forest Research and Development Center, CAF, Zhengzhou 450003, Henan, China) Abstract: In order to provide basis for the follow-up studies on chloroplast genetic engineering in Diospyros spp., codon usages of 55 chloroplast genes in five Diospyros spp species were analyzed by using CodonW, CUSP and SPSS softw