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生物信息学 第七章 分子进化与系统发育分析 主讲：张志勇 zzyzhang@ 电话 1 概念 生物进化的理论使各种生物间以亲缘关系 为纽带联系起来，它是生物信息学中一些重 要问题，如序列比对、基因组分析、蛋白质 结构分析等的理论基础。分子系统发育分析 是利用生物大分子有关性质去研究生物进化 或生物间亲缘关系的方法，在生物信息学中 的地位越来越重要。 2 生命之树：Tree of Life 重建所有生物的进化历史并以系统树的形 式加以描述 3 Darwin, Charles (1809-1882) 《The Origin of Species》 （1859） 共同祖先 4 生物进化理论 达尔文进化论： 进化：变异的遗传 自然选择：解释为何演变发生的机制 种群中个体变异的遗传学基础：孟德尔遗传 孟德尔豌豆实验：杂交的表现特征是基因表达 的结果，而不是基因杂交遗传 中性进化论：并非所有种群中保留下来的 突变都由自然选择所形成；大多数突变是中 性或接近中性，不妨碍种群的生存与繁衍。 5 研究生物进化历史的途径 最确凿证据是：生物化石！—— 零散、不 完整 比较形态学、比较解剖学和生理学等：确 定大致的进化框架—— 细节存在很多争议 6 分子进化 1964年，Linus Pauling提出分子进化理论； 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种 之间的生物系统发生的关系。 发生在分子层面的进化过程：DNA, RNA和 蛋白质分子 基本假设：核苷酸和氨基酸序列中含有生物 进化历史的全部信息。 7 分子进化的模式 核苷酸替代 DNA突变 基因复制：多基因家族以及伪基因的产生 8 核苷酸替代：转换 颠换 转换（transition） 嘌呤被嘌呤替代，或 嘧啶被嘧啶替代 颠换（transversion） 嘌呤被嘧啶替代，或 嘧啶被嘌呤替代 在进化过程中，转 换发生的频率远比 颠换高。 9 DNA突变的模式 替代 插入 缺失 倒位